Книга: Логика случая. О природе и происхождении биологической эволюции
Оглавление книги
- Предисловие автора к русскому переводу
- Введение. На пути к новому синтезу эволюционной биологии
- Глава 1. Основы эволюции: Дарвин и синтетическая теория эволюции
- Дарвин и первая синтетическая теория: величие замысла, ограничения и проблемы
- Генетика и «черный день» дарвинизма
- Популяционная генетика, теорема Фишера, адаптивные ландшафты, генетический дрейф и «эволюционная тяга»
- Положительный и очищающий (отрицательный) отбор: классификация форм отбора
- Синтетическая теория эволюции
- Краткий обзор главы
- Рекомендуемая дополнительная литература
- Глава 2. От синтетической теории эволюции к эволюционной геномике: различные механизмы и пути эволюции
- Репликация цифровых носителей информации: центральный принцип биологии и необходимое и достаточное условие эволюции
- Молекулярная эволюция и молекулярная филогенетика
- Нейтральная теория молекулярной эволюции
- Измерение естественного отбора сравнением последовательностей ДНК
- Эгоистичные гены, мусорная ДНК и мобильные элементы
- Эволюция путем дупликации генов и геномов: ортологи и паралоги
- Прерывистое равновесие и несостоятельность градуализма
- Пандативы, экзаптация, эволюция как ремесленник и ошибочность панглоссианской парадигмы эволюции
- Эволюция в мире микробов и вирусов и трехдоменное древо жизни
- Вирусы и рождение эволюционной геномики
- Эндосимбиоз
- Канализация и устойчивость в эволюции
- Краткий обзор и перспектива
- Рекомендуемая дополнительная литература
- Глава 3. Сравнительная геномика: эволюционирующие геномные ландшафты
- Важность перехода к геномике
- Эволюция геномных ландшафтов
- Поразительное разнообразие геномов
- Древние гены составляют в геноме большинство и имеют отчетливую эволюционную судьбу
- Мультидоменные белки и сложность связей ортологов
- Контраст между эволюционной пластичностью генома и стабильностью индивидуальных генов
- Геномные ландшафты: распределение эволюционных ограничений по разным классам сайтов в геноме
- Вселенная генов
- Минимальные наборы генов, замещение неортологичных генов (ЗНОГ) и ускользающее незаменимое ядро жизни
- Единицы эволюции и фрактальная структура генетической вселенной
- Элементарные события геномной эволюции
- Краткий обзор главы
- Рекомендуемая дополнительная литература
- Глава 4. Геномика, системная биология и универсалии эволюции: эволюция генома как феномен статистической физики
- Взаимосвязь между эволюционными и фенотипическими параметрами, универсалии эволюции генов, белков и геномов и физическая модель эволюционного процесса
- Почти нейтральные сети и белковая эволюция
- Геномная эволюция путем дупликации генов, модель рождения и смерти гена и универсальное распределение численности паралогичных семейств
- Структура и эволюция сетей: всеобщность степенного закона и стоящие за ним фундаментальные процессы
- Разбиение генома по биологическим функциям: универсальный степенной закон
- Стохастичность, нейтральность и отбор в эволюции
- Краткий обзор и перспектива: о природе эволюционного процесса
- Рекомендуемая дополнительная литература
- Глава 5. Сетевая геномика мира прокариот: вертикальные и горизонтальные потоки генов, мобиломы и динамика пангеномов
- Размер и общая организация бактериальных и архейных геномов
- Пространство-время прокариот и его эволюция
- Фрактальное пространство-время генома, пангеномы и кластеризация прокариот
- Эволюционная динамика архитектуры генома прокариот: опероны, суперопероны и сети соседствующих генов
- Регуляция экспрессии генов и передачи сигналов у бактерий и архей: от базовой схемы оперона к сверхоперонам, регулонам и сложным сетям
- Горизонтальный перенос генов – определяющий процесс в эволюции прокариот
- Мобилом прокариот
- Незаменимость ГПГ для эволюции прокариот
- Горизонтальный перенос генов, универсальные законы геномики и хорошо перемешанный резервуар прокариотических генов
- Характерные геномные профили бактерий и архей с различными стилями жизни и неизоморфное отображение генного и функционального пространств
- Археи и бактерии в свете сравнительной геномики: как же быть с прокариотами?
- Краткий обзор и перспектива
- Рекомендуемая дополнительная литература
- Глава 6. Филогенетический лес и поиск неуловимого древа жизни в век геномики
- Очень краткая история древа жизни
- Фундаментальные единицы эволюции и присущая им древовидная природа
- Лес жизни и почти универсальные филогенетические деревья
- В глубь леса жизни: Большой взрыв или сжатый кладогенез?
- Разделение эволюции прокариот на древовидный и сетевидный компоненты
- Древовидная эволюция или неслучайный горизонтальный перенос генов?
- Краткий обзор и перспектива
- Рекомендуемая дополнительная литература
- Глава 7. Происхождение эукариот: эндосимбиоз, удивительная история интронов и исключительная важность единичных событий в эволюции
- Эукариотическая клетка, ее внутренняя архитектура и пропасть между прокариотической и эукариотической клеточной организацией
- Эндосимбиоз, митохондрии, гидрогеносомы и пластиды
- Супергруппы эукариот и корень эукариотического эволюционного древа
- Сложный, «растущий» LECA и темные века эволюции эукариот
- Стволовая фаза: темные века эволюции эукариот
- Корни эукариот среди архей и бактерий
- Поиск архейного и бактериального «родителей» эукариот
- Происхождение ключевых функциональных систем эукариотической клетки
- Эукариогенез: источники уникальной эукариотической клеточной организации
- Сценарий симбиогенеза в сравнении с архезойным сценарием
- Симбиотический сценарий эукариогенеза: происхождение ключевых эукариотических инноваций, инициированных эндосимбиозом
- Удивительная история эукариотических интронов
- Три домена жизни: за пределами дерева Вёзе
- Краткий обзор главы
- Рекомендуемая дополнительная литература
- Глава 8. Неадаптивная нулевая гипотеза эволюции генома и истоки биологической сложности
- Эволюционная энтропия и сложность
- Эффективный размер популяции как общая мера эволюционных ограничений: неадаптивная теория эволюции генома
- Генная архитектура эукариот: наглядная демонстрация неадаптивной теории эволюции генома
- От мусора к функциональности: важность ослабленного очищающего отбора для эволюции сложности
- Оптимизация генома в качестве основного пути эволюции и сложность как геномный синдром
- За пределами нулевой гипотезы: ограничения популяционно-генетического взгляда на эволюцию генома
- Дарвиновский глаз, нередуцируемая сложность, экзаптация и конструктивная нейтральная эволюция
- Краткий обзор и перспектива: неадаптивная эволюционная парадигма и переоценка концепции эволюционного успеха
- Рекомендуемая дополнительная литература
- Глава 9. Ламарковский, дарвиновский и райтовский режимы эволюции, эволюция эволюционируемости, надежность биологических систем и созидательная роль шума в эволюции
- Драма ламаркизма
- Ламарковский, дарвиновский и райтовский режимы эволюции и критерии для обнаружения ламарковского наследования
- Ламарковские и квазиламарковские явления в эволюции
- Другие (квази)ламарковские системы, функционирующие по принципу CRISPR
- Горизонтальный перенос генов: важная ламарковская составляющая
- Стресс-индуцированный мутагенез и активизация мобильных элементов: квазиламарковский феномен
- Континуум дарвиновских и ламарковских механизмов эволюции
- Точность передачи информации в биологических системах и ее (не)адаптивная эволюция
- Шум в биологических системах и его созидательная роль в эволюции
- Эволюция эволюционируемости, надежность биологических систем и реализуемость эволюционного предвидения
- Краткий обзор и перспектива
- Рекомендуемая дополнительная литература
- Глава 10. Мир вирусов и его эволюция
- Необыкновенное разнообразие и повсеместное распространение вирусов
- Разнообразие стратегий репликации-экспрессии среди вирусов
- Диапазон сложности геномов, их функционального содержания и разнообразие геномной архитектуры вирусов
- Метагеномика вирусов, экспериментальная вирусология, агенты переноса генов и повсеместное распространение вирусов
- Эволюция вирусов: полифилия, монофилия и гены-сигнатуры
- Краткая естественная история вирусных генов
- Гены – вирусные сигнатуры: сигналы из древнего мира вирусов
- Конкурирующие концепции происхождения и эволюции вирусов
- Непрерывность мира вирусов и связи с миром клеточных организмов
- Фундаментальная неизбежность паразитов
- Вечная гонка вооружений между хозяином и паразитом и эволюция систем защиты и взлома защиты
- Краткий обзор и перспектива
- Рекомендуемая дополнительная литература
- Глава 11. Последний универсальный общий предок, происхождение клеток и первичный резервуар генов
- Сравнительно-геномная реконструкция генного репертуара LUCA
- Неклеточный компартментализированный LUCA(S): сообщество разнородных репликаторов и лаборатория ранней эволюции
- Краткий обзор и перспектива
- Рекомендуемая дополнительная литература
- Глава 12. Происхождение жизни. Возникновение трансляции, репликации, метаболизма и мембран: биологический, геохимический и космологический подходы
- Происхождение репликации и трансляции и мир РНК
- Цикл Дарвина – Эйгена
- Изучение эволюции белковых доменов дает аргументы в пользу сложного мира РНК: взгляд сверху вниз
- Рибозимы и мир РНК
- Природа и происхождение генетического кода
- Происхождение трансляции: ключевые идеи и модели
- Скептический обзор моделей эволюции репликации и трансляции
- Происхождение жизни с точки зрения химии и геохимии
- Радикальная альтернатива: космология вечной инфляции, переход от случайности к биологической эволюции в истории жизни и переоценка роли крайне редких событий в эволюции
- Краткий обзор и перспектива
- Рекомендуемая дополнительная литература
- Дополнение
- Глава 13. Постсовременное состояние эволюционной биологии
- Плюрализм паттернов и процессов эволюции: смена концепций отбора, вариации и древа жизни
- Роль и статус отбора
- Меняющиеся концепции вариации и конец градуализма
- От древа жизни к паутине жизни
- Неожиданная значимость простых физических и математических моделей для понимания эволюции: биологическая эволюция как предмет статистической физики
- Воспроизводимость эволюции: детерминизм и стохастика эволюционного процесса
- Сложное и неоднозначное соответствие генома и фенотипа
- Заря экспериментальной эволюционной биологии
- Дивный новый мир вирусов и прокариот
- Империи и домены жизни
- Парадокс биологической сложности, обманчивость прогресса и значение неадаптивных храповиков
- Так почему же организмы столь сложно устроены?
- Величайшая загадка происхождения жизни
- Нужна ли и полезна ли новая теория биологической эволюции? Появится ли постсовременная синтетическая теория?
- Рекомендуемая дополнительная литература
- Дополнение
- Приложение I. Философия постмодерна, метанарративы; природа и цели научных исследований
- Философия постмодерна, (не)доверие к метанарративам и (не)осуществимость синтеза
- Вопросы «почему?» и семантические ловушки: что на самом деле мы говорим об эволюции?
- Природа и цели науки: зачем вообще изучать эволюцию?
- Приложение II. Эволюция космоса и жизни: вечная инфляция, теория «мира многих миров», антропный отбор и грубая оценка вероятности возникновения жизни
- Краткое введение в инфляционную космологию для неспециалистов
- Вероятность случайного возникновения различных революционных систем в Н-области: грубая прикидка верхних пределов
- Литература
- Благодарности
- Об авторе
- Сноски из книги
- Содержание книги
- Популярные страницы
Оглавление статьи/книги
- Предисловие автора к русскому переводу
- Введение. На пути к новому синтезу эволюционной биологии
- Глава 1. Основы эволюции: Дарвин и синтетическая теория эволюции
- Глава 2. От синтетической теории эволюции к эволюционной геномике: различные механизмы и пути эволюции
- Глава 3. Сравнительная геномика: эволюционирующие геномные ландшафты
- Глава 4. Геномика, системная биология и универсалии эволюции: эволюция генома как феномен статистической физики
- Глава 5. Сетевая геномика мира прокариот: вертикальные и горизонтальные потоки генов, мобиломы и динамика пангеномов
- Глава 6. Филогенетический лес и поиск неуловимого древа жизни в век геномики
- Глава 7. Происхождение эукариот: эндосимбиоз, удивительная история интронов и исключительная важность единичных событий в эволюции
- Глава 8. Неадаптивная нулевая гипотеза эволюции генома и истоки биологической сложности
- Глава 9. Ламарковский, дарвиновский и райтовский режимы эволюции, эволюция эволюционируемости, надежность биологических систем и созидательная роль шума в эволюции
- Глава 10. Мир вирусов и его эволюция
- Глава 11. Последний универсальный общий предок, происхождение клеток и первичный резервуар генов
- Глава 12. Происхождение жизни. Возникновение трансляции, репликации, метаболизма и мембран: биологический, геохимический и космологический подходы
- Глава 13. Постсовременное состояние эволюционной биологии
- Приложение I. Философия постмодерна, метанарративы; природа и цели научных исследований
- Приложение II. Эволюция космоса и жизни: вечная инфляция, теория «мира многих миров», антропный отбор и грубая оценка вероятности возникновения жизни
- Литература
- Благодарности
- Об авторе
- Сноски из книги
- Содержание книги
- Популярные страницы
Похожие страницы
- Роль языка в происхождении сознания
- Краткий обзор главы
- Мобилом прокариот
- Глава 1. Основы эволюции: Дарвин и синтетическая теория эволюции
- Глава 3. Сравнительная геномика: эволюционирующие геномные ландшафты
- Глава 2. От синтетической теории эволюции к эволюционной геномике: различные механизмы и пути эволюции
- Логика случая. О природе и происхождении биологической эволюции
- Глава 4. Геномика, системная биология и универсалии эволюции: эволюция генома как феномен статистической физики
- Предисловие автора к русскому переводу
- Дарвин и первая синтетическая теория: величие замысла, ограничения и проблемы
- Генетика и «черный день» дарвинизма
- Синтетическая теория эволюции