Книга: Логика случая. О природе и происхождении биологической эволюции

Геномные ландшафты: распределение эволюционных ограничений по разным классам сайтов в геноме

Геномные ландшафты: распределение эволюционных ограничений по разным классам сайтов в геноме

Рис. 3–7. Схематические геномные ландшафты. Распределение эволюционных ограничений по разным сайтам в геномах прокариот и эукариот вскрывает различные принципы геномной архитектуры: а – геном прокариот; б – геном эукариот.

Любой геном может быть представлен в виде геномного ландшафта, графика, напоминающего панораму города, где каждому нуклеотидному сайту присваивается высота, пропорциональная силе влияющих на него эволюционных ограничений. Ограничения имеет смысл рассматривать как меняющиеся в диапазоне от 0 (лишенная ограничений, нейтрально эволюционирущая, функционально не значимая позиция) до 1 (полностью ограниченная, функционально важная позиция, в которой изменения недопустимы, см. рис. 3–7; Koonin and Wolf, 2010b). Распределения ограничений по геному значительно отличаются у форм жизни с различными архитектурами генома. Эти отличия проявляются особенно ярко, если говорить о сравнении, с одной стороны, вирусов и прокариот с их геномами «стена к стене», в основном состоящими из генов, кодирующих белок или РНК, и, с другой стороны, многоклеточных эукариот, в геномах которых кодирующие нуклеотиды находятся в меньшинстве (см. рис. 3–7). В пересчете на один сайт, ограничения в компактных геномах, особенно у прокариот, на несколько порядков сильнее, чем ограничения в больших геномах многоклеточных эукариот. Белок-кодирующие последовательности и последовательности, кодирующие структурные РНК, подвержены наиболее сильным ограничениям во всех геномах. Подавляющее большинство белок-кодирующих генов, особенно у прокариот, имеют низкие значения Ka/Ks, что указывает на сильное давление очищающего отбора на эти последовательности (см. рис. 3–8 и предыдущую главу). В то же время во всех группах организмов существует значительная положительная корреляция между Ka и Ks, указывающая, что даже синонимические сайты в белок-кодирующих генах ограничены примерно в пропорции к ограничениям на несинонимичные сайты (Drummond and Wilke, 2008; см. также гл. 4). Учитывая, что прокариотические геномы почти полностью состоят из белоккодирующих генов со вкраплениями генов структурных РНК и коротких межгенных промежутков, в основном занятых разно образно ограниченными регуляторными регионами, эти компактные геномы содержат мало неограниченных сайтов. Заметным исключением являются псевдогены, редкие у большинства прокариот, но распространенные у некоторых паразитических бактерий, особенно растущих внутри эукариотических клеток, например Rickettsia или Mycobacterium leprae (Harrison and Gerstein, 2002). Геномы большинства вирусов еще более компактны, чем геномы прокариот, причем почти вся последовательность генома занята белок-коди рующими генами.

Рис. 3–8. Распределение отношения Ka/Ks в геномах прокариот и эукариот. Salinispora sp.: вычислено по ортологам в S. arenicola CNS-205 и S. tropica CNB-440 (актинобактерии). Homo sapiens: вычислено по ортологам в H. sapiens и Macaca mulatta (приматы). Значения Ка и Ks оценены с использованием программного обеспечения PAML (Yang, 2007). График в логарифмических координатах по оси абсцисс; ФПВ обозначает функцию плотности вероятности.

Рис. 3–9. Схематическая сводка эволюционных ограничений, действующих на различные классы геномных сайтов.

Одноклеточные эукариоты, напоминающие прокариот общей архитектурой генома, демонстрируют примерно одинаковые распределения эволюционных ограничений, хотя доля очевидно не подверженных ограничениям некодирующих последовательностей в их геномах несколько выше. Геномы многоклеточных эукариот (растений и особенно животных) являют собою разительную противоположность. Эти организмы имеют богатые интронами геномы с длинными межгенными промежутками; существенная, хотя и переменная часть этих некодирующих последовательностей, по-видимому, эволюционирует, не подвергаясь ограничениям. Доля нуклеотидов в геноме, подверженных эволюционным ограничениям, оценивается методами, основанными на критерии Макдональда – Крайтмана (см. табл. 2–2). Полученные оценки существенно отличаются даже между животными: у Drosophila около 70 процентов нуклеотидных сайтов в геноме, в том числе 65 процентов некодирующих участков, по всей видимости, подвержены отбору (в том числе положительному), а у млекопитающих эта доля оказывается в интервале 3–6 процентов (Koonin and Wolf, 2010b). Примечательно, однако, что абсолютное число подверженных отбору сайтов в столь разных по размеру геномах этих животных довольно близко. Напротив, в Arabidopsis, растении с геномом, размером и общей архитектурой сравнимыми с таковыми Drosophila, доля некодирующих подверженных ограничениям участков, по-видимому, существенно ниже.

Резюмируя существующее понимание ограничений, влияющих на различные классы и сайты во всем известном разнообразии геномов (см. рис. 3–9), отметим, что некоторые фундаментальные простые выводы являются бесспорными. В частности, нет никаких сомнений, что несинонимичные сайты в белок-кодирующих последовательностях и последовательности, кодирующие структурные РНК, являются одними из наиболее сильно ограниченных во всех геномах и что характерное распределение ограничений (геномный ландшафт) сильно коррелирует с архитектурой генома (Koonin and Wolf, 2010b). Однако помимо этих основных принципов, и довольно неожиданно, оказывается, что эволюционные режимы сильно различаются даже для некоторых относительно близких таксонов, таких как членистоногие и позвоночные. Чтобы выработать всеобъемлющую картину эволюционных ограничений и давления, формирующих геном, требуется еще множество дополнительных исследований по различным организмам. В последующих главах рассматриваются различные проявления давления отбора, влияющие на разные части генома.