Книга: Микробы хорошие и плохие. Наше здоровье и выживание в мире бактерий

Часть 2. Жизнь на человеке

1 Эпиграф взят из письма Антони ван Левенгука Лондонскому королевскому обществу, перепечатанного в книге: Clifford Dobell, Antony van Leeuwenhoek and His “Little Animals”; Being Some Account of the Father of Protozoology and Bacteriology and His Multifarious Discoveries in These Disciplines (Mineola, N. Y.: Dover, 1960).

2 Theodor Rosebury, Microorganisms Indigenous to Man (New York: McGraw-Hill, 1962).

3 Theodor Rosebury, Life on Man (New York: Viking Press, 1969), 8.

4 Там же, xv.

5 Именно в связи с угрозой развития слепоты, вызываемой гонококками или хламидиями, в родильных домах в глаза новорожденным капают антибиотики. Если не лечить такие инфекции, они за несколько недель могут привести к развитию слепоты.

6 Yu-Li Song et al., “Identification of and Hydrogen Peroxide Production by Fecal and Vaginal Lactobacilli Isolated from Japanese Women and Newborn Infants”, Journal of Clinical Microbiology 37 (1999), 3062–3064.

7 M. Bayo et al., “Vaginal Microbiota in Healthy Pregnant Women and Prenatal Screening of Group B Streptococci (BGS)”, International Microbiology 5 (2002), 87–90.

8 Эти данные о заселении ротовой полости человека почерпнуты из книги: Rosebury, Microorganisms Indigenous to Man, 327331. Они подтверждены и дополнены в книге: Michael Wilson, Microbial Inhabitants of Humans: Their Ecology and Role in Health and Disease (New York: Cambridge University Press, 2004), 318–360.

9 N. meningitidis вызывает развитие инфекций примерно у одного младенца на тысячу. Смертность от этих инфекций в восьмидесятые годы составляла 75 %, но с тех пор упала до значений меньше 3 % – благодаря достижениям в области своевременной диагностики и реанимации.

10 R. J. Berkowitz et al., “Maternal Salivary Levels of Streptococcus mutans and Primary Oral Infection of Infants”, Archives of Oral Biology 26 (1981), 147–149.

11 Mary J. Marples, The Ecology of the Human Skin (Springfield, Ill.: Charles C. Thomas, 1965); см. также: Mary Marples, “Life on the Human Skin”, Scientific American 220 (January 1969), 108–115.

12 Значительная часть научных данных по химическому составу и феромоноподобному действию “экстрактов” человеческих подмышек была получена в лаборатории Джорджа Прети в Центре химической чувствительности Монелла (Monell Chemical Senses Center) – независимом научно-исследовательском институте в Филадельфии. Хороший обзор исследований этой лаборатории приведен в статье: Charles Wysocki, George Preti, “Facts, Fallacies, Fears, and Frustrations with Human Pheromones”, Anatomical Record 281A (2004), 1201–1211.

13 Marples, “Life on Human Skin”.

14 Wystan Hugh Auden, “A New Year Greeting”, зачитано на фестивале Poetry International (1969), опубликовано в журнале: Scientific American 220 (December 1969), 130.

15 Thomas Donnell Luckey, “Discussion: Intestinal Flora”, NASA Conference on Nutrition in Space and Related Waste Problems,

University of South Florida, April 27–30, 1964, NASA document no. SP-70; интервью, взятые автором у Томаса Донелла Лаки в июне 2006 г.; T. D. Luckey, “Potential Microbic Shock in Manned Aerospace Systems”, Aerospace Medicine 37 (1966), 1223–1228.

16 Luckey, “Studies on Germfree Animals”, Journal of the Chiba Medical Society 35 (1959), 1-24, цит. по статье “Potential Microbic Shock”.

17 Lorraine Gall, Phyllis Riely, “Effect of Diet and Atmosphere on Intestinal and Skin Flora” //A Report of the Physiological, Psychological, and Bacteriological Aspects of 20 Days in Full Pressure Suits, 20 Days at 27,000 Feet on 100 Percent Oxygen and 34 Days of Confinement, NASA Technical Report NAEC-ACELL-535, April 1, 1966.

18 V. M. Shilov et al., “Changes in the Microflora of Man During Longterm Confinement”, Life Sciences and Space Research 9 (1971), 43–49.

19 Skylab Medical Experiments Altitude Test (SMEAT) (1973), NASA Technical Report TM X-58115, Johnson Space Center, Houston, Tex., NASA contract 9-12601; Charles Berry, “Proposal for Ground-Based Manned Chamber Study for the Skylab Program”, March 24, 1970, цит. по: A History of Living and Working in Space: A History of Skylab, NASA Historical Report SP-4208, глава 8.

20 Мур усовершенствовал приемы выращивания анаэробных культур, разработанные одним из первых исследователей микрофлоры рубца – Робертом Хангейтом (Robert Hungate) из Калифорнийского университета в Дэвисе. Метод Хангейта был основан на выращивании анаэробных бактерий в тонкой пленке специально приготовленного агара на внутренней поверхности запаянной пробирки, откуда предварительно струей углекислого газа удаляли кислород.

21 Интервью, взятые автором у Пег Холдеман Мур в августе – сентябре 2006 г.

22 Интервью, взятое у Роберта Смайберта Джоном Хессом (John Hess, Virginia Tech Oral History Project) 19 июня 2002 г.

23 Интервью, взятое автором у Пег Холдеман Мур; Peg Holdeman, “Human Fecal Flora: Variation in Bacterial Composition with

Individuals and a Possible Effect of Emotional Stress”, Applied and Environmental Microbiology 31 (1976), 359–375.

24 L. V. Holdeman, W. E. C. Moore, “A New Genus, Coprococcus, Twelve New Species, and Amended Descriptions of Four Previously Described Species of Bacteria from Human Feces”, International Journal of Systematic Bacteriology 24 (1974), 260–277.

25 Спасибо калифорнийской акушерке и писательнице Ронни Фалькао (www.gentlebirth.org) за описание этого аспекта процесса родов.

26 Th1erry Wirth et al., “Distinguishing Human Ethnic Groups by Means of Sequences from H. pylori: Lessons from Ladakh”, Proceedings of the National Academy of Sciences 101 (2004), 4746–4751; Shan-Rui Han et al., “Helicobacterpylori: Clonal Population Structure and Restricted Transmission Within Families Revealed by Molecular Typing”, Journal of Clinical Microbiology 38 (2000), 3646–3651.

27 Denys Jennings, “Perforated Peptic Ulcer: Changes in Age-Incidence and Sex-Distribution in the Last 150 Years”, Lancet 235 (1940), 395–398.

28 W. O. Huston, “The American Disease”, Columbus Medical Journal 16 (1896), 1–7.

29 B. Marshall, R. Warren, “Unidentified Curved Bacilli in the Stomach of Patients with Gastritis and Peptic Ulceration”, Lancet 8390 (1984), 1311–1315.

30 S. A. Dowsett et al., "Helicobacter pylori Infection in Indigenous Families of Central America: Serostatus and Oral and Fingernail Carriage”, Journal of Clinical Microbiology 37 (1999), 2456–2460.

31 Martin Blaser, “In a World of Black and White, Helicobacter pylori Is Gray”, Annals of Internal Medicine 130 (1999), 695–697.

32 Так называемые M-клетки, покрывающие пейеровы бляшки, сверху усыпаны кармашками, в каждый из которых может без труда войти несколько бактерий. Когда бактерии попадают в такой кармашек, он закрывается и перемещается, перенося своих пассажиров к углублению большего размера на противоположной, внутренней поверхности клетки, где его встречает целая ватага поджидающих иммунных клеток. Что касается буквы M в названии M-клеток, мне еще предстоит окончательно выяснить, что она означает. Быть может, это сокращение от слова mesenteric (“мезентериальный”) – широкого термина, относящегося к любым кишечным структурам? Буду признательна за какие-либо еще сведения по этому вопросу ([email protected]).

33 Thomas MacDonald, Giovanni Monteleone, “Immunity, Inflammation, and Allergy in the Gut”, Science 307 (March 2005), 1920–1925; Ralph Steinman et al., “Tolerogenic Dendritic Cells”, Annual Reviews in Immunology 21 (2003), 685–711; Daniel Hawiger et al., “Dendritic Cells Induce Peripheral T Cell Unresponsiveness Under Steady State Conditions In Vivo”, Journal of Experimental Medicine 194 (September

200i), 769–779; Ralph Steinman et al., “Dendritic Cell Function In Vivo During the Steady State: A Role in Peripheral Tolerance”, Annals of the New York Academy of Sciences 987 (2003), 15–25.

34 Andrew Macpherson, Therese Uhr, “Induction of Protective IgA by Intestinal Dendritic Cells Carrying Commensal Bacteria”, Science 303 (March 2004), 1662–1665.

35 Helena Tlaskalova-Hogenova et al., “Commensal Bacteria (Normal Microflora), Mucosal Immunity and Chronic Inflammatory and Autoimmune Diseases”, Immunology Letters 93 (2004), 97-108.

36 Henri Tissier, “Repartition des microbes dans Tintestin du nourisson,’ Annals of the Pasteur Institute 19 (1905), 109–123, цит. по: G. W. Tannock, “The Acquisition of the Normal Microflora of the Gastrointestinal Tract” // S. A. W. Gibson, ed., Human Health: The Contribution of Microorganisms (New York: Springer-Verlag, 1994), 1-16.

37 American Academy of Pediatrics, “Human Milk”, Red Book (January 2003), 117–123.

38 WHO Collaborative Study Team, “Effect of Breastfeeding on Infant and Child Mortality Due to Infectious Diseases in Less-Developed Countries: A Pooled Analysis”, Lancet 355 (2000), 451–455.

39 Aimen Chen, Walter Rogan, “Breastfeeding and the Risk of Postnatal Death in the United States”, Pediatrics 113 (2004), 435–439.

40 Многое из того, что нам известно об этих процессах, удалось узнать путем сравнения нормальных (заселенных бактериями) и безмикробных подопытных животных. Последних получают искусственным путем и усердно выращивают в стерильной среде.

41 Wilson, Microbial Inhabitants of Humans, 264–281; Abigail Salyers, Dixie Whitt, Microbiology (Bethesda, Md.: Fitzgerald Science Press, 2001), 225–228.

42 “Recent Trends in Mortality Rates for Four Major Cancers, by Sex and

Race/ Ethnicity, United States, 1990–1998”, Morbidity and Mortality Weekly Report 51 (2002), 49–53. Примечательно, что заболеваемость раком толстой кишки остается на низком уровне в тех регионах планеты, где не внедрены современные методы очистки воды.

43 Abigail Salyers, Mark Pajeau, “Competitiveness of Different Polysaccharide Utilization Mutants of Bacteroides thetaiotaomicron in the Intestinal Tracts of Germfree Mice”, Applied and Environmental Microbiology 55 (1989), 2572–2578.

44 Lynn Bry et al., “A Model of Host-Microbial Interactions in an Open Mammalian Ecosystem”, Science 273 (1996), 1380–1383; Lora

Hooper et al., “A Molecular Sensor That Allows a Gut Commensal to Control Its Nutrient Foundation if a Competitive Ecosystem”, Proceedings of the National Academy of Sciences 96 (1999), 9833–9838.

45 Последовательность ДНК-букв активного (работающего) гена транскрибируется на соответствующие молекулы так называемой матричной (информационной) РНК, которые, в свою очередь, используются клеткой как матрицы для сборки ферментов и других белков, выполняющих в клетке всевозможные функции.

46 Lora Hooper et al., “Molecular Analysis of Commensal Host-Microbial Relationships in the Intestine”, Science 291 (2001), 881–884.

47 Thaddeus Stappenbeck et al., “Developmental Regulation of Intestinal Angiogenesis by Indigenous Microbes via Paneth Cells”, Proceedings of the National Acadeemy of Sciences 99 (2003), 15451-15455.

48 J ian Xu et al., “A Genomic View of the Human-Bacteroides thetaiotaomicron Symbiosis”, Science 299 (2003), 2074–2076.

49 Fredrik B?ckhed et al., “The Gut Microbiota as an Environmental Factor Regulates Fat Storage”, Proceedings of the National Academy of Sciences (2004), 15718-15723.

50 Justin Sonnenburg et al., “Getting a Grip on Th1ngs: How Do Communities of Bacterial Symbionts Become Established in Our Intestine?” Nature Immunology 5 (2004), 569–573.

51 Ruth Ley et al., “Human Gut Microbes Associated with Obesity”, Nature 444 (2006), 1022–1023; Peter Turnbaugh et al., “An Obesity-Associated Gut Microbiome with Increased Capacity for Energy Harvest”, Nature 444 (2006), 1027–1031.

52 Buck Samuel, Jeffrey Gordon, “A Humanized Gnotobiotic Mouse Model of Host-Archaeal-Bacterial Mutualism”, Proceedings of the National Academy of Sciences 103 (2006), 10011-10016.

53 Carl Woese, G. E. Fox, “Phylogenetic Structure of the Prokaryotic Domain: The Primary Kingdoms”, Proceedings of the National Academy of Sciences 74 (1977), 5088–5090.

54 Norman Pace, “The Analysis of Natural Microbial Populations by Ribosomal RNA Sequences”, Advances in Microbial Ecology 9 (1986), 1-55.

55 Li Weng et al., “Application of Sequence-Based Methods in Human Microbial Ecology”, Genome Research 16 (2006), 316–322.

56 P. Hugenholts, B. M. Goebel, N. R. Pace, “Impact of Culture-Independent Studies on the Emerging Phylogenetic View of Bacterial Diversity”, Journal of Bacteriology 180 (1998), 4765–4774.

57 Pace, “Analysis of Natural Microbial Populations”.

58 Ken Wilson et al., “Phylogeny of the Whipple’s Disease-Associated Bacterium”, Lancet 338 (1991), 474–475; David Relman et al.,

“Identification of the Uncultured Bacillus of Whipple’s Disease”, New England Journal of Medicine 327 (1992), 293–301.

59 Ian Kroes, Paul Lepp, and David Relman, “Bacterial Diversity Within the Human Subgingival Crevice”, Proceedings of the National Academy of Sciences 96 (1999) 14547-14552.

60 Bruce Paster et al., “Bacterial Diversity in Human Subgingival Plaque”, Journal of Bacteriology 183 (2001), 3770–3083; C. E. Kazor et al., “Diversity of Bacterial Populations on the Tongue Dorsa of Patients with Halitosis and Healthy Patients”, Journal of Clinical Microbiology 41 (2003), 558–563; Bruce Paster et al., “The Breadth of Bacterial Diversity in the Human Periodontal Pocket and Other Oral Sites”, Periodontology2000 42 (2006), 80–87.

61 Steven Gill et al., “Metagenomic Analysis of the Human Distal Gut Microbiome”, Science 312 (2006), 1355–1359.

62 Интервью, взятые автором у Дэвида Релмана в феврале – марте 2005 г.

63 Интервью, взятые автором у Алана Хадсона в январе – марте 2005 г.

⁶4^H. С. Gerard et al., “Chromosomal DNA from a Variety of Bacterial Species Is Present in Synovial Tissue from Patients with Various Forms of Arthritis”, Arthritis and Rheumatology 44 (2001), 1689–1697.

65 B. J. Balin et al., “Identification and Localization of Chlamydia pneumoniae in the Alzheimer’s Brain”, Medical Microbiology and Immunology 187 (1998), 23–42.

66 John Grayston, “Does Chlamydia pneumoniae Cause Atherosclerosis?” Archives of Surgery 134 (1999), 930–934; E. V. Kozarov et al., “Human Atherosclerotic Plaque Contains Viable Invasive Actinobacillus actinomycetemcomitans and Porphyromonas gingivalis”, Atherosclerosis, Thrombosis and Vascular Biology 25 (2005), 17–18.

67 Christopher Cannon et al., “Antibiotic Treatment of Chlamydia pneumoniae After Acute Coronary Syndrome”, New England Journal of Medicine 352 (2005), 1646–1654.

68 Информация о компании ActivBiotics Pharma: www.activbioticspharma.com / aboutactivbioticspharma.html.

69 J. R. O’Dell et al., “Treatment of Early Rheumatoid Arthritis with Minocycline or Placebo: Results of a Randomized, Double-Blind, Placebo-Controlled Trial”, Arthritis and Rheumatism 40 (1997), 842–848.

70 Susan Swedo et al., “Pediatric Autoimmune Neuropsychiatric Disorders Associated with Streptococcal Infections: Clinical Description of the First 5 °Cases”, American Journal of Psychiatry 155 (1998), 264–271.