Книга: Мусорная ДНК. Путешествие в темную материю генома

Сноски из книги

Что значит имя? Роза пахнет розой, / Хоть розой назови ее, хоть нет. («Ромео и Джульетта», акт II, сцена 2. Перев. Б. Пастернака.)

Встречаются и двунитевые РНК. Это особый класс, речь о котором пойдет в главе 18. (Прим. перев.)

Мы видим, что белки-слова могут образовываться путем удаления букв (участков, кодирующих аминокислоты), но не их перестановки. (Прим. перев.)

Руководитель компании Celera Genomics Крейг Вентер рассказал о своей жизни и своих работах по расшифровке генома человека в замечательной книге «Decoded Life» («Расшифрованная жизнь». Москва, БИНОМ, Лаборатория знаний, 2015).

Амиши — одно из наиболее консервативных направлений в меннонитстве, ставшее отдельной протестантской деноминацией. Как правило, амиши вступают в брак только с единоверцами. (Прим. перев.)

Вот эти классы: SINEs (short interspersed repetitive repeats, short interspersed elements (короткие рассеянные повторяющиеся последовательности, короткие рассеянные элементы»; LINEs (long interspersed elements (длинные рассеянные элементы)); LTRs (elements with long terminal repeats (элементы с длинной концевой зоной повторов)); ДНК-транспозоны.

Этот ген называется Мус.

Ген называется Gcn5. Он кодирует белок, обладающий целым рядом функций. Одной из них является добавление ацетильной группы к лизину — аминокислоте, содержащейся в некоторых белках.

Научный термин для клеточного самоубийства — программируемая гибель клеток, или апоптоз.

Основной фермент при этом кодируется геном TERT, а РНК матрица кодируется геном TR, который также именуется TERC.

Такие клетки называются гемопоэтическими стволовыми клетками (ГПСК), или гемоцитобластами.

Этот ген называется Dyskeratosis Congenita 1 (DKC1), или дискерин. (Дискерином называется также белок, связывающий РНК-теломеразу. — Прим. перев.)

В данном случае имеются в виду почкующиеся дрожжи — например, Saccharomyces cerevisiae.

Caenorhabditis elegans.

Эта элементарная повторяющаяся единица длиной в 171 нуклеотидную пару называется альфа-сателлитным повтором.

Гистона H3.

Этот ген называется SRY.

От «X-inactive (Xi)-specific transcript» (букв. «X-неактивный специфический транскрипт инактивированной X-хромосомы»).

Обратите внимание: оснований, а не пар оснований. РНК — однонитевая молекула, в отличие от ДНК.

Этот ген называется MeCP2. Его функция состоит в том, чтобы связываться с эпигенетически модифицированной (в данном случае — метилированной) ДНК, где он взаимодействуете другими белками, подавляя экспрессию генов на тех участках, к которым прикрепляется.

Это знаменитый мысленный эксперимент. При создании данного анекдота реальные лягушки не пострадали.

Это так называемые длинные интергенные некодирующие РНК (line RNAs, long intergenic non-coding RNAs).

Исключение — клетки иммунной системы, борющиеся со специфическими инфекциями. В ходе необычных процессов эти клетки проводят реаранжировку некоторых своих генов, создавая различные комбинации антител и рецепторов, способные реагировать на широчайший спектр чужеродных белков.

Этот главный репрессор называется EZH2. Данный фермент отвечает за добавление трех метильных групп к аминокислоте лизину, содержащейся в гистоне H3 в так называемом 27-м положении. Вкратце такая модификация именуется H3K27me3. Эго один из наиболее изученных признаков эпигенетической репрессии, если не считать метилирования ДНК.

Этот комплекс называется поликомб-комплексом 2 (Polycomb Response Complex 2, PRC2). Деятельность PRC2 плотно координируется с деятельностью другого репрессивного комплекса — PRC1. Комплекс PRC2 обычно создает первые репрессивные модификации на том или ином участке генома. Затем PRC1 вносит дополнительные модификации, которые стабилизируют репрессивное состояние.

Ключевую роль здесь играют белки DNMT3A и DNMT3L — заново синтезируемые ДНК-метилтрансферазы.

Этот белок называется DNMT1, или поддерживающей ДНК-метилтрансферазой.

Так называемая мутация de novo, т.е. не наследуемая, а возникающая заново, «с нуля».

Так называемая однородительская дисомия, в данном случае — материнская однородительская дисомия.

Этот ген называется UBE3A. Он пристраивает определенную молекулу (убиквитин) к другим белкам, что приводит к их деградации.

Привожу здесь чисто условные цифры — просто чтобы проиллюстрировать мысль.

РНК, вовлеченные в данный процесс, принадлежат к особому классу малых ядрышковых РНК, получившему название C/D box.

Метилтрансфераза, необходимая для данного процесса, называется фибрилларином. Фермент действует в комплексе с тремя другими белками и с малой ядрышковой РНК.

Митохондрии используют в своих биохимических процессах множество других белков, но большинство белков они получают из цитоплазмы клетки. Все белки, кодируемые лишь в митохондриях, задействованы в так называемой цепи переноса электронов митохондрий. Соответствующий процесс проходит в самих митохондриях и играет важнейшую роль для всего живого. Именно благодаря ему мы вырабатываем и накапливаем энергию, питающую наши клетки.

Ген, кодирующий этот белок, называется Myc (как всегда, буквы латинские) и играет роль также в развитии целого ряда других разновидностей рака.

Если хотите знать, речь идет о пристраивании фосфатной группы (одного атома фосфора и четырех атомов кислорода) к определенной позиции гистона НЗ. Такую модификацию обычно связывают с активными генами.

Данный компонент медиатора называется MED12.

Это так называемые индуцированные плюрипотентные стволовые клетки (ИПСК).

Этот белковый комплекс называется когезином.

Есть одно-два исключения, когда гены собраны в кластеры, отражающие картину их экспрессии. Главным образом это Hox-гены, контролирующие строение тела, и Ig-гены, кодирующие антитела.

Официальное его название — CTCF.

Этот белок называется SHOX (short stature homeobox, гомеобокс невысокости).

Обычно в качестве таких свойств рассматривалась доступность по отношению к ферментам, которые способны к «разрезанию» молекул ДНК: это признак того, что мы имеем дело с открытой структурой, которая, возможно, обладает способностью копироваться в РНК.

Ген этот называется Ёжик Соник [Sonic Hedgehog], сокращенно — Shh. Ученые прошли период, когда генам нередко давали такие вот явно комические прозвища. Теперь это не поощряется. Представьте, как врач, дающий консультации по генетическим проблемам, вынужден сообщать это развеселое названьице родителям ребенка, страдающего опасным генетическим заболеванием.

Эта область-энхансер называется ZRS. Он находится на длинном плече хромосомы 7.

Этот транскрипционный фактор называется Six3.

Этот транскрипционный фактор называется GATA6.

Этот транскрипционный фактор называется PFT1A.

Эта вариантная пара нуклеотидных оснований носит броское имя rs12913932.

Этот ген называется ОСА2.

Этот подход, предполагающий поиск генов и их вариаций, связанных с заболеванием или с характеристикой (чертой), называется полногеномными ассоциативными исследованиями (genome-wide association studies, GWAS).

Этот ген называется FTO, или «ассоциируемым с жировой массой и ожирением» [«fat mass and obesity associated»].

Этот ген называется IRX3, или Iroquois homeobox 3 (ген из семейства ирокез-гомеобокс, кодирующий одноименный белок — ирокез-гомеобокс 3).

Речь идет о несовершенном остеогенезе V типа.

В литературе их часто обозначают как UTR (untranslated regions). Нетранслируемый участок в начале информационной РНК называется 5'-UTR, а тот, что находится в конце информационной РНК, именуется З'-UTR.

Этот ген называется IFITM5.

I wandered lonely as a cloud (Как облако, бродил я, одинок). Первая строка знаменитого (по крайней мере, среди англоязычных читателей) стихотворения Вордсворта «Нарциссы». Русскоязычный читатель с такой же легкостью расшифрует, например, такую цепочку букв: Выхожуодинянадорогу. (Прим. перев.)

Тимин отличается от урацила лишь наличием одной метильной группы в определенном положении. (Прим. перев.)

Напомним, ДНК — двунитевая молекула, и при обсуждении ее структурных единиц речь идет, как правило, о парах оснований, каждая из которых состоит из двух комплементарных оснований (соединяющихся с основаниями соседней нити по правилам, описанным в главе 2: основание А всегда соединяется лишь с Т, а Г — лишь с Ц). Здесь, как и во всех подобных случаях, названы лишь основания, находящиеся на одной из нитей ДНК. Этого вполне достаточно: правила комплементарности всегда позволяют при необходимости узнать, какие основания находятся в соседней цепочке. (Прим. перев.)

Этот белок называется Muscleblind-like protein 1, или MBNL1 (белок 1, напоминающий белки из семейства muscleblind).

Это называется нематричным изменением РНК, поскольку в геноме нет такой исходной ДНК-матрицы, которая задавала бы данную последовательность оснований А в данном месте.

IPEX - Immunodysregulation Polyendocrinopathy Enteropathy X-Linked Syndrome (синдром иммунной дисрегуляции, полиэндокринопатии и энтеропатии, связанный с X-хромосомой).

Этот белок — транскрипционный фактор FOXP3.

Регуляторных Т-лимфоцитов.

Этот ген называется FUS — Fused in Sarcoma / Translocated in Sarcoma (подвергающийся слиянию или транслокации при саркоме).

Легендарные кавалерийские подразделения, воевавшие под началом британцев в Индии и прилегающих регионах в конце XVIII - начале XX вв. (Прим. перев.)

«Лего. Фильм». Если не видели, обязательно посмотрите. Великолепная вещь.

Напомню, мусорные участки между зонами, кодирующими аминокислоты, называются интронами. А сами области гена, кодирующие аминокислоты, именуются экзонами.

Полезно выделить два типа малых РНК. Малые РНК, запускающие разрушение информационных РНК. называются микроРНК. Малые РНК, затрудняющие трансляцию, называются малыми интерферирующими РНК. Чтобы избежать лишнего нагромождения терминов, будем называть и те и другие просто малыми РНК.

Похоже, в отечественной научной литературе пока нет устоявшегося перевода для данного термина. Обычно он дается в исходном виде. Изредка используются и такие варианты, как «затравочная последовательность», «порождающая последовательность», но все они не совсем передают суть происходящих процессов. (Прим. перев.)

Эти клетки называются сателлитными.

Этот белок называется BK (латинские буквы, обозначающие один из клеточных калийных каналов).

Такие новообразования называются супратенториальными нейроэктодермальными опухолями.

Этот белок называется транстиретином.

Изречение встречается, например, у Шекспира: «И, неизбежность обративши в доблесть...» («Два веронца», акт IV, сцена 1, перев. М. Кузмина). Вариант В. Левина: «Хотите ль сделать проигрыш доходным...».

Речь идет о цитомегаловирусе (ЦМВ).

Таргетируемый белок именуется аполипопротеином B100.

Название этого лекарства — мипомерсен (Mipomersen). У него есть и другое название — кинамро (Kynamro).

В данном случае — DUX4.

«Внутри гена» в данном случае означает «не в начале и не в конце гена». (Прим. перев.)