Не очень понятно, зачем эукариотам эти сложности. Сплайсинг дает некоторые преимущества, например, позволяет эукариотам получать с одного гена много разных белков. Для этого часть экзонов вырезается из мРНК вместе с интронами. В зависимости от того, какие экзоны войдут в зрелую матричную РНК, получатся разные варианты белка. Рекорд разнообразия альтернативного сплайсинга принадлежит белку иммунной системы насекомых DSCAM. Ген DSCAM мухи содержит 117 экзонов, комбинации которых дают 38 000 вариантов белка.

Эукариоты платят за эту возможность дополнительными затратами энергии и времени на синтез интронов мРНК. Хуже того, из-за сплайсинга включение и выключение генов занимает гораздо больше времени. У бактерий синтез белков на новой мРНК начинается еще до того, как она будет достроена до конца, благодаря этому через несколько минут после включения гена с него получатся первые готовые белки. У эукариот же сначала мРНК должна быть достроена до конца, а из-за интронов она длиннее, чем у бактерий, и синтезируется дольше. Потом должен пройти сплайсинг, тоже занимающий время, затем прикрепление кэпа, полиаденинового хвоста и экспорт мРНК из ядра в цитоплазму. Только после этого рибосомы смогут приступить к работе. Поэтому у эукариот от включения гена до появления первого готового белка проходит в лучшем случае от 30 до 60 минут, а часто несколько часов.

В ходе сплайсинга нередко происходят ошибки, приводящие к появлению дефектных мРНК. Для уничтожения таких матричных РНК эукариоты имеют специальную систему NMD (nonsence-mediated decay). Немногочисленные интроны в геномах бактерий вырезают себя из РНК сами, т. е. они являются рибозимами. В геномах эукариот счет интронов идет на десятки тысяч, и способностью к вырезанию самих себя они не обладают. Сплайсинг эукариот происходит при помощи специального РНК-белкового комплекса – сплайсосомы. Основную роль в ней играют шесть видов малых ядерных РНК, которые являются рибозимами. В структуре этих РНК есть сходство с самовырезающимися интронами бактерий.

Появление ядра, разделившее синтез матричных РНК и синтез белков, сняло эти ограничения, и началось бурное размножение интронов в белок-кодирующих генах предка эукариот. Мутации интронов часто нарушали их способность к самовырезанию и приводили к возникновению большого количества дефектных белков. Это вызвало давление отбора на появление системы NMD для контроля качества мРНК. Часть интронов специализировалась на вырезании других, поврежденных интронов. От них произошли малые ядерные РНК, составляющие основу сплайсосомы.