Книга: От атомов к древу. Введение в современную науку о жизни

Сноски из книги

<<< Назад ~ ~ ~

Вперед >>> ----

· #1

Broda E. The evolution of the bioenergetic processes. Pergamon Press, 1975. Перевод на русский: Брода Э. Эволюция биоэнергетических процессов. — М.: Мир, 1978.

· #2

Циркин Ю. Б. Мифы Угарита и Финикии. — М.: АСТ, 2003.

· #3

Dobzhansky T. Nothing in biology makes sense except in the light of evolution // The American Biology Teacher, 1973, V. 14, № 3, 125–129. Русский перевод этой статьи можно прочитать в сети по адресу: http://heathland.ru/111/LJ/Dobzhansky_rus.pdf

· #4

Фейнмановские лекции по физике. — М.: Мир, 1965.

· #5

Вклад легких частиц вроде фотонов и нейтрино здесь не учтен, но в современной Вселенной он в любом случае невелик (десятые доли процента).

· #6

Brock W. H. The life and work of William Prout // Medical history, 1965, V. 9, № 2, 101–126.

· #7

Caffau E. et al. An extremely primitive halo star // arXiv preprint arXiv: 1203.2612 (2012).

· #8

Oddo G. Die molekularstruktur der Radioaktiven atome // Zeitschrift fur anorganische und allgemeine Chemie, 1914, V. 87, № 1, 253–268. Harkins W. D. The evolution of the elements and the stability of complex atoms. I. A new periodic system which shows a relation between the abundance of the elements and the structure of the nuclei of atoms // Journal of the American Chemical Society, 1917, V. 39, № 5, 856–879.

· #9

Binnemans K. et al. Rare-earth economics: the balance problem // JOM, 2013, V. 65, № 7, 846–848.

· #10

Burbidge E. M. et al. Synthesis of the elements in stars // Reviews of Modern Physics, 1957, V. 29, № 4, 547–650.

· #11

Dobzhansky T. Teilhard de Chardin and the orientation of evolution // Zygon, 1968, V. 3, № 3, 242–258. Перевод этого фрагмента несколько сокращен (без потери для смысла).

· #12

Красилов В. А. Нерешенные проблемы теории эволюции. — Владивосток: Дальневосточный научный центр АН СССР, 1986.

· #13

Bracher P. J. Origin of life: Primordial soup that cooks itself // Nature Chemistry, 2015, V. 7, № 4, 273–274.

· #14

Пер. А. Попова.

· #15

Vanderbilt B. Kekule’s whirling snake: Fact or fiction // Journal of Chemical Education, 1975, V. 52, № 11, 709.

· #16

Irwin L. N., Schulze-Makuch D. Petrolakes // Cosmic Biology, 2011, 225–251.

· #17

Bracher, 2015.

· #18

Страйер Л. Биохимия. — М.: Мир, 1984–1985 (2 тома).

· #19

Менделеев Д. И. Рассуждение о соединении спирта с водою, представленное в физико-математический факультет Императорского Санкт-Петербургского университета для получения степени доктора химии (1865).

· #20

Друг с другом они взаимодействуют за счет так называемых ван-дер-ваальсовых сил — электростатического притяжения нейтральных молекул, возникающего между мгновенными микрозарядами, которые неизбежно образуются из-за случайного характера движения электронов внутри этих молекул. Благодаря ван-дер-ваальсовым силам даже совершенно неполярные молекулы могут притягиваться друг к другу, хотя и слабо.

· #21

Inagaki F. et al. Microbial community in a sediment-hosted CO₂ lake of the southern Okinawa Trough hydrothermal system // Proceedings of the National Academy of Sciences, 2006. V. 103, № 38, 14164–14169.

· #22

Budisa N., Schulze-Makuch D. Supercritical carbon dioxide and its potential as a life-sustaining solvent in a planetary environment // Life, 2014, V. 4, № 3, 331–340.

· #23

Whittet D. C. B. et al. Observational constraints on methanol production in interstellar and preplanetary ices // The Astrophysical Journal, 2011, V. 742, № 1, 1–10.

· #24

Schulze-Makuch D. Io: Is life possible between fire and ice // Journal of Cosmology, 2010, V. 5, 912–919.

· #25

Азимов А. Асимметрия жизни. От секрета научных прозрений до проблемы перенаселения. — М.: Центрполиграф, 2008.

· #26

Vickery H. B. The origin of the word protein // The Yale Journal of Biology and Medicine, 1950, V. 22, № 5, 387–393.

· #27

Кольцов Н. К. Физико-химические основы морфологии // Труды Третьего Всероссийского съезда зоологов, анатомов и гистологов в Ленинграде 14–20 декабря 1927 г. — Издание Главного управления научных учреждений, 1928.

· #28

Williams A. N., Woessner K. M. Monosodium glutamate ‘allergy’: menace or myth? // Clinical & Experimental Allergy, 2009, V. 39, № 5, 640–646.

· #29

Пармон В. Н. Новое в теории появления жизни // Химия и жизнь. 2005. № 5.

· #30

Cronin J. R., Pizzarello S. Amino acids in meteorites // Advances in Space Research, 1983, V. 3, № 9, 5–18.

· #31

Пер. В. Кулагиной-Ярцевой, И. Левшина.

· #32

Блюменфельд Л. А. Проблемы биологической физики. — М.: Наука, 1974.

· #33

Хургин Ю. И., Чернавский Д. С., Шноль С. Э. Молекула белка-фермента как механическая система // Колебательные процессы в биологических системах. — М.: Наука, 1967.

· #34

Пер. В. В. Вересаева.

· #35

Povolotskaya I. S., Kondrashov F. A. Sequence space and the ongoing expansion of the protein universe // Nature, 2010, V. 465, 922–926.

· #36

Bruckner H. et al. Liquid chromatographic determination of D-amino acids in cheese and cow milk. Implication of starter cultures, amino acid racemases, and rumen microorganisms on formation, and nutritional considerations // Amino Acids, 1992, V. 2, № 3, 271–284.

· #37

Elsila J. E. et al. Meteoritic amino acids: diversity in compositions reflects parent body histories // ACS Central Science, 2016, V. 2, № 6, 370–379.

· #38

Пер. К. Душенко.

· #39

Крысова А. В., Циркин В. И., Куншин А. А. Роль аквапоринов в транспорте воды через биологические мембраны // Вятский медицинский вестник. 2012. № 2.

· #40

Шноль С. Э. Физико-химические факторы биологической эволюции. — М.: Наука, 1979.

· #41

Woese C. R., Kandler O., Wheelis M. L. Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya // Proceedings of the National Academy of Sciences, 1990, V. 87, № 12, 4576–4579.

· #42

Lombard J., Lopez-Garcia P., Moreira D. The early evolution of lipid membranes and the three domains of life // Nature Reviews. Microbiology, 2012, V. 10, № 7, 507–515.

· #43

Koga Y. et al. Did archaeal and bacterial cells arise independently from noncellular precursors? A hypothesis stating that the advent of membrane phospholipid with enantiomeric glycerophosphate backbones caused the separation of the two lines of descent // Journal of Molecular Evolution, 1998, V. 46, № 1, 54–63.

· #44

Martin W., Russell M. J. On the origins of cells: a hypothesis for the evolutionary transitions from abiotic geochemistry to chemoautotrophic prokaryotes, and from prokaryotes to nucleated cells // Philosophical Transactions of the Royal Society of London, B: Biological Sciences, 2003, V. 358, № 1429, 59–85.

· #45

Cordova A. et al. Amino acid catalyzed neogenesis of carbohydrates: A plausible ancient transformation // Chemistry: A European Journal, 2005, V. 11, № 16, 4772–4784.

· #46

Watanabe H. et al. A cellulase gene of termite origin // Nature, 1998, 330–331.

· #47

Tanimura A. et al. Animal cellulases with a focus on aquatic invertebrates // Fisheries Science, 2013, V. 79, № 1, 1–13.

· #48

Robinson J. M. Lignin, land plants, and fungi: biological evolution affecting Phanerozoic oxygen balance // Geology, 1990, V. 18, № 7, 607–610.

· #49

Beerling D. J. et al. Carbon isotope evidence implying high O₂/CO₂ ratios in the Permo-Carboniferous atmosphere // Geochimica et Cosmochimica Acta, 2002, V. 66, № 21, 3757–3767.

· #50

Cavalier-Smith T. Cell evolution and Earth history: stasis and revolution // Philosophical Transactions of the Royal Society of London, B: Biological Sciences, 2006, V. 361, № 1470, 969–1006.

· #51

Callahan M. P. et al. Carbonaceous meteorites contain a wide range of extraterrestrial nucleobases // Proceedings of the National Academy of Sciences, 2011, V. 108, № 34, 13995–13998.

· #52

Mulkidjanian A. Y., Cherepanov D. A., Galperin M. Y. Survival of the fittest before the beginning of life: selection of the first oligonucleotide-like polymers by UV light // BMC Evolutionary Biology, 2003, V. 3, № 1, 12–18.

· #53

Dahm R. Friedrich Miescher and the discovery of DNA // Developmental Biology, 2005, V. 278, № 2, 274–288.

· #54

Troland L. T. Biological enigmas and the theory of enzyme action // The American Naturalist, 1917, V. 51, № 606, 321–350.

· #55

Demerec M. What is a gene? // Journal of Heredity, 1933, V. 24, № 10, 369–378.

· #56

Avery O. T., MacLeod C. M., McCarty M. Studies on the chemical nature of the substance inducing transformation of Pneumococcal types // Journal of Experimental Medicine, 1944, V. 79, № 2, 137–158.

· #57

Watson J. D., Crick F. H. Molecular structure of nucleic acids // Nature, 1953, V. 171, 737–738.

· #58

Jeffries A. C., Symons R. H. A catalytic 13-mer ribozyme // Nucleic Acids Research, 1989, V. 17, № 4, 1371–1377.

· #59

Forterre P. Three RNA cells for ribosomal lineages and three DNA viruses to replicate their genomes: a hypothesis for the origin of cellular domain // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2006, V. 103, № 10, 3669–3674.

· #60

Коляскина Е. А. Дающая жизнь: традиционные представления русских крестьян Алтая о женском плодородии и деторождении // Вестник Томского государственного университета. 2008. № 317.

· #61

Маклин Ф. 1759. Год завоевания Британией мирового господства. — М.: АСТ, 2011. Книга посвящена решающим событиям Семилетней войны.

· #62

Roberts I. F. Maupertuis: Doppelganger of Doctor Moreau // Science Fiction Studies, 2001, V. 28, № 2, 261–274.

· #63

Крик Ф., Ниренберг М. Генетический код // Успехи физических наук. 1964. Т. 82. Вып. 1, 133–160.

· #64

Gamow G., Ycas M. Statistical correlation of protein and ribonucleic acid composition // Proceedings of the National Academy of Sciences, 1955, V. 41, № 12, 1011–1019.

· #65

Аспиз М. Е. Об А. А. Нейфахе как об ученом // А. А. Нейфах — взгляды, идеи, раздумья. — М.: Наука, 2001, 114–118.

· #66

Кроме стоп-кодона существует еще и другой «знак препинания» — старт-кодон, с которого синтез полипептидной цепочки начинается. Обычно им является кодон аминокислоты метионина — АУГ. Таким образом, первым «кирпичиком», с которого начинает синтезироваться почти любой белок, служит метионин. Это, однако, не значит, что все белки обязательно начинаются с метионина, потому что он вполне может удаляться в ходе так называемой посттрансляционной модификации.

· #67

Здесь воспроизведена идея, которую высказал в сетевом обсуждении китайский биохимик Минь Чжоу: https://www.researchgate.net/post/Why_did_evolution_favor_ATP_and_not_GTP_TTP_or_CTP

· #68

Вот описание этого опыта, которое в данном случае будет лучше любого пересказа своими словами: «В экспериментах с бесклеточной системой Маршалл Ниренберг и Генрих Маттэи, исследовавшие активность различных препаратов РНК в роли матриц для белкового синтеза, в качестве контроля использовали синтетическую полиуридиловую кислоту (poly U), рассчитывая, что она не будет проявлять существенной матричной активности. К своему большому удивлению, они обнаружили, что poly U достаточно эффективно направляет синтез полифенилаланина. Более того, полифенилаланин оказался единственным полипептидом, синтезируемым в присутствии poly U. Из этих наблюдений непосредственно вытекало, что триплет UUU служит кодоном для фенилаланина. Вскоре аналогичным образом было установлено, что poly C направляет синтез полипролина, а poly A — полилизина, то есть CCC является пролиновым кодоном, а AAA кодирует лизин. К счастью, использованная в этих экспериментах бесклеточная система содержала повышенную концентрацию ионов магния, при которой (как выяснилось в дальнейшем) инициация синтеза полипептидной цепи происходит и в отсутствие инициаторного кодона AUG. Только поэтому вышеупомянутые синтетические матрицы и удалось использовать для аномальной инициации трансляции. Так, отчасти благодаря счастливой случайности, удалось сделать первые шаги на пути к полной расшифровке генетического кода». (Кайгер Д., Айала Ф. Современная генетика. — М.: Мир, 1987. Т. 2. С. 76.)

· #69

Retallack G. J. et al. Problematic urn-shaped fossils from a Paleoproterozoic (2.2 Ga) paleosol in South Africa // Precambrian Research, 2013, V. 235, 71–87.

· #70

Кунин Е. В. Логика случая. — М.: Центрполиграф, 2014.

· #71

Hussell T., Bell T. J. Alveolar macrophages: plasticity in a tissue-specific context // Nature Reviews. Immunology, 2014, V. 14, 81–93.

· #72

Малахов В. В. Основные этапы эволюции эукариотных организмов // Палеонтологический журнал. 2003. № 6. 25–32.

· #73

Раутиан А. С., Сенников А. Г. Отношения хищник — жертва в филогенетическом масштабе времени // Экосистемные перестройки и эволюция биосферы. 2001. Вып. 4, 29–46.

· #74

Danovaro R. et al. The first metazoa living in permanently anoxic conditions // BMC Biology, 2010, V. 8, № 1, 30.

· #75

Joseph R. The origin of eukaryotes: Archaea, bacteria, viruses and horizontal gene transfer // Journal of Cosmology, 2010, V. 10, 3418–3445.

· #76

Кунин Е. В. Логика случая — М.: Центрполиграф, 2014.

· #77

Yutin N. et al. The origins of phagocytosis and eukaryogenesis // Biology Direct, 2009, V. 4, № 1, 9.

· #78

Muller F. et al. First description of giant Archaea (Thaumarchaeota) associated with putative bacterial ectosymbionts in a sulfidic marine habitat // Environmental Microbiology, 2010, V. 12, № 8, 2371–2383.

· #79

Pittis A. A., Gabaldon T. Late acquisition of mitochondria by a host with chimaeric prokaryotic ancestry // Nature, 2016, V. 531, 101–104.

· #80

Baum D., Baum B. An inside-out origin for the eukaryotic cell // BMC Biology, 2014, V. 12, № 1, 76.

· #81

Baum D., Baum B. The world in a cell // New Scientist, 2015, V. 225, № 3008, 28–29.

· #82

Albers S. V., Meyer B. H. The archaeal cell envelope // Nature Reviews. Microbiology, 2011, V. 9, 414–426.

· #83

Хороший обзор гипотезы Баумов на русском языке: https://postnauka.ru/faq/35994

· #84

Bell P. J. L. Viral eukaryogenesis: was the ancestor of the nucleus a complex DNA virus? // Journal of Molecular Evolution, 2001, V. 53, № 3, 251–256.

· #85

Takemura M. Poxviruses and the origin of the eukaryotic nucleus // Journal of Molecular Evolution, 2001, V. 52, № 5, 419–425.

· #86

Abedin M., King N. Diverse evolutionary paths to cell adhesion // Trends in Cell Biology, 2010, V. 20, № 12, 734–742.

· #87

Szymona M., Ostrowski W. Inorganic polyphosphate glucokinase of Mycobacterium phlei // Biochimica et Biophysica Acta (BBA), Specialized Section on Enzymological Subjects, 1964, V. 85, № 2, 283–295.

· #88

Hug L. A. et al. A new view of the tree of life // Nature Microbiology, 2016, V. 1, 1–6.

· #89

Кулаев И. С. Неорганические полифосфаты и их роль на разных этапах клеточной эволюции // Соросовский образовательный журнал. 1996. № 2.

· #90

Липман Ф. Современный этап эволюции биосинтеза и предшествовавшее ему развитие // Происхождение предбиологических систем. — М.: Мир, 1966.

· #91

Yamagata Y. et al. Volcanic production of polyphosphates and its relevance to prebiotic evolution // Nature, 1991, V. 352, 516–519.

· #92

Скулачев В. П. Эволюция биологических механизмов запасания энергии // Соросовский образовательный журнал. 1997. № 5.

· #93

Энергия может передаваться от одного тела к другому и путем излучения, без непосредственного контакта между частицами, но для процессов, интересующих нас сейчас, это особого значения не имеет.

· #94

Романовский Ю. М., Тихонов А. Н. Молекулярные преобразователи энергии живой клетки. Протонная АТФ-синтаза — вращающийся молекулярный мотор // Успехи физических наук. 2010. Т. 180, 931–956.

· #95

Yoshida M. et al. ATP synthase — a marvellous rotary engine of the cell // Nature Reviews. Molecular Cell Biology, 2001, V. 2, 669–677.

· #96

Langen P., Hucho F. Karl Lohmann and the Discovery of ATP // Angewandte Chemie International Edition, 2008, V. 47, № 10, 1824–1827.

· #97

Skulachev V. P. Sodium bioenergetics // Trends in Biochemical Sciences, 1984, V. 9, № 11, 483–485.

· #98

Mulkidjanian A. Y., Dibrov P., Galperin M. Y. The past and present of sodium energetics: may the sodium-motive force be with you // Biochimica et Biophysica Acta (BBA). Bioenergetics, 2008, V. 1777, № 7, 985–992.

· #99

Mulkidjanian A. Y. et al. Evolutionary primacy of sodium bioenergetics // Biology Direct, 2008a, V. 3, № 1, 13–22.

· #100

Quayle J. R., Ferenci T. Evolutionary aspects of autotrophy // Microbiological Reviews, 1978, V. 42, № 2, 251–273.

· #101

Pereto J. et al. Comparative biochemistry of CO₂ fixation and the evolution of autotrophy // International Microbiology, 1999, V. 2, 3–10.

· #102

Скулачев В. П. Законы биоэнергетики // Соросовский образовательный журнал. 1997. № 1.

· #103

Голубовский М. Д. Век генетики: эволюция идей и понятий. Научно-исторические очерки. — СПб.: Борей Арт, 2000.

· #104

Тут трудно не вспомнить популярный у биологов весьма реалистичный анекдот: «Инструкция по биохимическому опыту. Пункт первый. Подготовьте крысу к опыту. Пункт второй. Полученную кашицу…»

· #105

Корнберг А. Биохимия на рубеже веков // Химия и жизнь. 2002. № 12.

· #106

Haldane J. B. S. The origin of life // Rationalist Annual, 1929.

· #107

Lane N., Allen J. F., Martin W. How did LUCA make a living? Chemiosmosis in the origin of life // BioEssays, 2010, V. 32, № 4, 271–280.

· #108

Siebers B., Schonheit P. Unusual pathways and enzymes of central carbohydrate metabolism in Archaea // Current Opinion in Microbiology, 2005, V. 8, № 6, 695–705.

· #109

Martin W., Russell M. J. On the origin of biochemistry at an alkaline hydrothermal vent // Philosophical Transactions of the Royal Society of London, B: Biological Sciences, 2007, V. 362, № 1486, 1887–1926.

· #110

Weiss M. C. et al. The physiology and habitat of the last universal common ancestor // Nature Microbiology, 2016, V. 1, 16116–16122.

· #111

Herschy B. et al. An origin-of-life reactor to simulate alkaline hydrothermal vents // Journal of Molecular Evolution, 2014, V. 79, № 5–6, 213–227.

· #112

Sojo V., Pomiankowski A., Lane N. A bioenergetic basis for membrane divergence in archaea and bacteria // PLoS Biology, 2014, V. 12, № 8, e₁₀01926.

· #113

Bernhardt H. S., Tate W. P. Primordial soup or vinaigrette: did the RNA world evolve at acidic pH? // Biology Direct, 2012, V. 7, № 1, 4.

· #114

Диброва Д. В. и др. Системы Nа⁺/К⁺-гомеостаза как предшественники мембранной биоэнергетики // Биохимия. 2015. Т. 80. № 5, 590–611.

· #115

Dibrova D. V. et al. The role of energy in the emergence of biology from chemistry // Origins of Life and Evolution of Biospheres, 2012, V. 42, № 5, 459–468.

· #116

Djokic T. et al. Earliest signs of life on land preserved in ca. 3.5 Ga hot spring deposits // Nature Communications, 2017, V. 8, 15263.

· #117

Благодарю Михаила Никитина за то, что обратил на это мое внимание.

· #118

Keeling P. J. et al. The reduced genome of the parasitic microsporidian Enterocytozoon bieneusi lacks genes for core carbon metabolism // Genome Biology and Evolution, 2010, V. 2, 304–309.

· #119

Felix M. A. et al. Natural and experimental infection of Caenorhabditis nematodes by novel viruses related to nodaviruses // PLoS Biology, 2011, V. 9, № 1, e₁₀00586.

· #120

Suttle C. A. Viruses in the sea // Nature, 2005, V. 437, 356–361.

· #121

Weitz J. S., Wilhelm S. W. An ocean of viruses // Scientist, July 2013.

· #122

Baltimore D. Expression of animal virus genomes // Bacteriological Reviews, 1971, V. 35, № 3, 235–241.

· #123

Агол В. И. Разнообразие вирусов // Соросовский образовательный журнал. 1997. № 4.

· #124

Кунин Е. В. Логика случая. — М.: Центрполиграф, 2014.

· #125

На эту тему есть экспериментальные данные, показывающие, что запустить трансляцию прямо с ДНК в принципе можно, хотя далеко этот процесс не заходит и для синтеза полноценных белков он непригоден. Damian L. et al. Single-strand DNA translation initiation step analyzed by Isothermal Titration Calorimetry // Biochemical and Biophysical Research Communications, 2009, V. 385, № 3, 296–301.

· #126

Moreira D., Lopez-Garcia P. Ten reasons to exclude viruses from the tree of life // Nature Reviews Microbiology, 2009, V. 7, 306–311.

· #127

Hegde N. R. et al. Reasons to include viruses in the tree of life // Nature Reviews Microbiology, 2009, V. 7, 615.

· #128

Forterre P. Defining life: the virus viewpoint // Origins of Life and Evolution of Biospheres, 2010, V. 40, Issue 2, 151–160.

· #129

Bandea C. I. A new theory on the origin and the nature of viruses // Journal of Theoretical Biology, 1983, V. 105, № 4, 591–602.

· #130

La Scola B. et al. A giant virus in amoebae // Science, 2003, V. 299, № 5615, 2033–2033.

· #131

Miller S., Krijnse-Locker J. Modification of intracellular membrane structures for virus replication // Nature Reviews Microbiology, 2008, V. 6, 363–374.

· #132

Novoa R. R. et al. Virus factories: associations of cell organelles for viral replication and morphogenesis // Biology of the Cell, 2005, V. 97, № 2, 147–172.

· #133

Suzan-Monti M. et al. Ultrastructural characterization of the giant volcano-like virus factory of Acanthamoeba polyphaga Mimivirus // PLoS One, 2007, V. 2, № 3, e³²⁸.

· #134

Claverie J. M. Viruses take center stage in cellular evolution // Genome Biology, 2006, V. 7, № 6, 110.

· #135

Thompson L. R. et al. Phage auxiliary metabolic genes and the redirection of cyanobacterial host carbon metabolism // Proceedings of the National Academy of Sciences, 2011, V. 108, № 39, E₇₅₇?E⁷⁶⁴.

· #136

Forterre, 2010.

· #137

Bamford D. H. Do viruses form lineages across different domains of life? // Research in Microbiology, 2003, V. 154, № 4, 231–236.

· #138

Raoult D., Forterre P. Redefining viruses: lessons from Mimivirus // Nature Reviews Microbiology, 2008, V. 6, 315–319.

· #139

Koonin E. V., Senkevich T. G., Dolja V. V. The ancient Virus World and evolution of cells // Biology Direct, 2006. V. 1, № 1, 29.

· #140

Lwoff A. Interaction among virus, cell, and organism. Nobel Lecture, December 11, 1963.

· #141

Benner S. A. Defining life // Astrobiology, 2010, V. 10, №, 10, 1021–1030.

· #142

Раутиан А. С. О природе генотипа и наследственности // Журнал общей биологии. 1993. Т. 54. № 2, 131–148.

· #143

Редактируя эту главу, А. В. Марков заметил, что — в противовес этому рассуждению — в молодой Вселенной довольно долго все элементы тяжелее лития существовали именно в мире «платоновских идей». И все их химические соединения тоже, и все свойства. И пространство белковых последовательностей, о котором идет речь в главе 3, — это тоже в основном мир платоновских идей. Какого-то белка нет в природе, но он возможен, и его свойства предопределены.

· #144

Stanley W. M. Isolation of a crystalline protein possessing the properties of tobacco mosaic virus // Science, 1935, V. 81, № 2113, 644–645.

· #145

Lwoff A. The concept of virus // Microbiology, 1957, V. 17, № 2, 239–253.

· #146

La Scola et al., 2003.

· #147

Arslan D. et al. Distant Mimivirus relative with a larger genome highlights the fundamental features of Megaviridae // Proceedings of the National Academy of Sciences, 2011, V. 108, № 42, 17486–17491.

· #148

Abergel C., Legendre M., Claverie J. M. The rapidly expanding universe of giant viruses: Mimivirus, Pandoravirus, Pithovirus and Mollivirus // FEMS Microbiology Reviews, 2015, V. 39, № 6, 779–796.

· #149

Schulz F. et al. Giant viruses with an expanded complement of translation system components // Science, 2017, V. 356, № 6333, 82–85.

· #150

Colson P. et al. Viruses with more than 1,000 genes: Mamavirus, a new Acanthamoeba polyphagamimivirus strain, and reannotation of Mimivirus genes // Genome Biology and Evolution, 2011, V. 3, 737–742.

· #151

Legendre M. et al. Genomics of Megavirus and the elusive fourth domain of life // Communicative & Integrative Biology, 2012, V. 5, № 1, 102–106.

· #152

Philippe N. et al. Pandoraviruses: amoeba viruses with genomes up to 2.5 Mb reaching that of parasitic eukaryotes // Science, 2013, V. 341, № 6143, 281–286.

· #153

Corradi N. et al. The complete sequence of the smallest known nuclear genome from the microsporidian Encephalitozoon intestinalis // Nature Communications, 2010, V. 1, 77–83.

· #154

Schulz et al., 2017.

· #155

Raoult, Forterre, 2008.

· #156

Forterre P. The origin of DNA genomes and DNA replication proteins // Current Opinion in Microbiology, 2002, V. 5, № 5, 525–532.

· #157

Forterre P. The two ages of the RNA world, and the transition to the DNA world: a story of viruses and cells // Biochimie, 2005, V. 87, № 9–10, 793–803.

· #158

Forterre P., Prangishvili D. The great billion-year war between ribosome- and capsid-encoding organisms (cells and viruses) as the major source of evolutionary novelties // Annals of the New York Academy of Sciences, 2009, V. 1178, № 1, 65–77.

· #159

Shuman S. What messenger RNA capping tells us about eukaryotic evolution // Nature Reviews. Molecular Cell Biology, 2002, V. 3, 619–625.

· #160

Это связано с тем, что РНК-содержащему вирусу не нужно проникать в ядро, чтобы размножиться. Ему достаточно проникнуть в цитоплазму. Fay N., Pante N. Nuclear entry of DNA viruses // Frontiers in Microbiology, 2015, V. 6, 467.

· #161

Forterre P. The origin of viruses and their possible roles in major evolutionary transitions // Virus Research, 2006, V. 117, № 1, 5–16.

· #162

Takeuchi N., Hogeweg P. Evolution of complexity in RNA-like replicator systems // Biology Direct, 2008, V. 3, № 1, 11.

· #163

La Scola B. et al. The virophage as a unique parasite of the giant mimivirus // Nature, 2008, V. 455, 100–104.

· #164

Suttle C. A. Marine viruses — major players in the global ecosystem // Nature Reviews. Microbiology, 2007, V. 5, 801–812.

· #165

Eugene V., Koonin E. V., Dolja V. V. Virus world as an evolutionary network of viruses and capsidless selfish elements // Microbiology and Molecular Biology Reviews, 2014, V. 78, № 2, 278–303.

· #166

Forterre P. To be or not to be alive: How recent discoveries challenge the traditional definitions of viruses and life // Studies in History and Philosophy of Science, Part C: Studies in History and Philosophy of Biological and Biomedical Sciences, 2016, V. 59, 100–108.

· #167

Перевод мой.

· #168

Беляков С. С. Гностик из Уржума // Урал. 2003. № 5.

· #169

Salt G. Experimental studies in insect parasitism. XIII. The haemocytic reaction of a caterpillar to eggs of its habitual parasite // Proceedings of the Royal Society of London, B: Biological Sciences, 1965, V. 162, № 988, 303–318.

· #170

Stoltz D. B., Vinson S. B. Penetration into caterpillar cells of virus-like particles injected during oviposition by parasitoid ichneumonid wasps // Canadian Journal of Microbiology, 1979, V. 25, № 2, 207–216.

· #171

Edson K. M. et al. Virus in a parasitoid wasp: suppression of the cellular immune response in the parasitoid’s host // Science, 1981, V. 211, № 4482, 582–583.

· #172

Stoltz D. B. et al. Polydnaviridae — a proposed family of insect viruses with segmented, double-stranded, circular DNA genomes // Intervirology, 1984, V. 21, № 1, 1–4.

· #173

Fleming J. G., Summers M. D. Polydnavirus DNA is integrated in the DNA of its parasitoid wasp host // Proceedings of the National Academy of Sciences, 1991, V. 88, № 21, 9770–9774.

· #174

Gundersen-Rindal D. et al. Parasitoid polydnaviruses: evolution, pathology and applications: Dedicated to the memory of Nancy E. Beckage // Biocontrol Science and Technology, 2013, V. 23, № 1, 1–61.

· #175

Hayakawa Y. Growth-blocking peptide: an insect biogenic peptide that prevents the onset of metamorphosis //Journal of Insect Physiology, 1995, V. 41, № 1, 1–6.

· #176

Beckage N. E. Parasitoids and polydnaviruses // Bioscience, 1998, V. 48, № 4, 305–311

· #177

Stoltz D. B. The polydnavirus life cycle // Parasites and pathogens of insects, 1993, V. 1, 167–187.

· #178

Webb B. A. Polydnavirus biology, genome structure, and evolution // The insect viruses. Springer US, 1998, 105–139.

· #179

Federici B. A., Bigot Y. Origin and evolution of polydnaviruses by symbiogenesis of insect DNA viruses in endoparasitic wasps // Journal of Insect Physiology, 2003, V. 49, № 5, 419–432.

· #180

Webb B., Fisher T., Nusawardani T. The natural genetic engineering of polydnaviruses // Annals of the New York Academy of Sciences, 2009, V. 1178, № 1, 146–156.

· #181

Beckage N. E. Games parasites play: the dynamic roles of proteins and peptides in the relationship between parasite and host // Parasites and Pathogens of Insects: Parasites. Academic Press, 1993, 25–57.

· #182

Whitfield J. B., Asgari S. Virus or not? Phylogenetics of polydnaviruses and their wasp carriers // Journal of Insect Physiology, 2003, V. 49, № 5, 397–405.

· #183

Whitfield J. B. Molecular and morphological data suggest a single origin of the polydnaviruses among braconid wasps // Naturwissenschaften, 1997, V. 84, № 11, 502–507.

· #184

Bezier A. et al. Polydnaviruses of braconid wasps derive from an ancestral nudivirus // Science, 2009, V. 323, № 5916, 926–930.

· #185

Volkoff A. N. et al. Analysis of virion structural components reveals vestiges of the ancestral ichnovirus genome // PLoS Pathogens, 2010, V. 6, № 5, e₁₀00923.

· #186

Strand M. R., Burke G. R. Polydnaviruses: nature’s genetic engineers // Annual Review of Virology, 2014, V. 1, 333–354.

· #187

Strand M. R., Burke G. R. Polydnaviruses: from discovery to current insights // Virology, 2015, V. 479, 393–402.

· #188

Villarreal L. P. Can viruses make us human? // Proceedings of the American Philosophical Society, 2004, V. 148, № 3, 296–323.

· #189

Roossinck M. J. The good viruses: viral mutualistic symbioses // Nature Reviews. Microbiology, 2011, V. 9, № 2, 99–108.

· #190

Thurber R. V. et al. Virus-host interactions and their roles in coral reef health and disease // Nature Reviews Microbiology, 2017, V. 15, № 4, 205–216.

· #191

Oldstone M. B. A. Prevention of type I diabetes in nonobese diabetic mice by virus infection // Science, 1988, V. 239, № 4839, 500–503.

· #192

Stoye J. P. Studies of endogenous retroviruses reveal a continuing evolutionary saga // Nature reviews. Microbiology, 2012, V. 10, № 6, 395–406.

· #193

Villarreal L. P. et al. Virus-host symbiosis mediated by persistence // Symbiosis (Rehovot), 2007, V. 44, № 1/3, 1–9.

· #194

Gregory T. R. Synergy between sequence and size in large-scale genomics // Nature Reviews. Genetics, 2005, V. 6, 699–708.

· #195

Stoye, 2012.

· #196

Li W. et al. Human endogenous retrovirus-K contributes to motor neuron disease // Science Translational Medicine, 2015, V. 7, № 307, 307ra153-307ra¹⁵³.

· #197

Lager S., Powell T. L. Regulation of nutrient transport across the placenta // Journal of Pregnancy, 2012, V. 2012.

· #198

Mess A., Carter A. M. Evolutionary transformations of fetal membrane characters in Eutheria with special reference to Afrotheria // Journal of Experimental Zoology, Part B: Molecular and Developmental Evolution, 2006, V. 306, № 2, 140–163.

· #199

Dupressoir A., Lavialle C., Heidmann T. From ancestral infectious retroviruses to bona fide cellular genes: role of the captured syncytins in placentation // Placenta, 2012, Volume 33, Issue 9, 663–671.

· #200

Magiorkinis G., Blanco-Melo D., Belshaw R. The decline of human endogenous retroviruses: extinction and survival // Retrovirology, 2015, V. 12, № 1, 8.

· #201

Manghera M., Ferguson J., Douville R. Endogenous retrovirus-K and nervous system diseases // Current Neurology and Neuroscience Reports, 2014, V. 14, № 10, 488.

· #202

Fisher R. A. The genetical theory of natural selection. Oxford University, 1930.

· #203

Bouvier A., Wadhwa M. The age of the Solar System redefined by the oldest Pb?Pb age of a meteoritic inclusion // Nature Geoscience, 2010, V. 3, 637–641.

· #204

Larson R. E., Bromm V. The first stars in the Universe // Scientific American, 2004, V. 14, № 4, 4–11.

· #205

Glover S. The first stars // The First Galaxies. Springer Berlin Heidelberg, 2013, 103–174.

· #206

Cameron A. G. W., Truran J. W. The supernova trigger for formation of the solar system // Icarus, 1977, V. 30, № 3, 447–461.

· #207

Hester J. J. et al. The cradle of the solar system // Science, 2004, V. 304, № 5674, 1116–1117.

· #208

Tachibana S. et al. 60Fe in chondrites: Debris from a nearby supernova in the early Solar System? // The Astrophysical Journal Letters, 2006, V. 639, № 2, L87–L90.

· #209

Leger A. et al. A new family of planets? «Ocean-Planets» // Icarus, 2004, V. 169, № 2, 499–504.

· #210

Elkins-Tanton L. T. Uranus, Neptune, Pluto, and the Outer Solar System. Chelsea House Publishers, 2006.

· #211

Сорохтин О. Г., Ушаков С. А. Развитие Земли. — М.: Издательство МГУ, 2002.

· #212

Robert F. The origin of water on Earth // Science, 2001, V. 293, № 5532, 1056–1058.

· #213

Robert F. The origin of water on Earth // Science, 2001, V. 293, № 5532, 1056–1058.

· #214

Halliday A. N. The Origin of the Moon // Science, 2012, V. 338, № 6110, 1040–1041.

· #215

Hartmann W. K. The giant impact hypothesis: past, present (and future?) // Philosophical Transactions of Royal Society, A: Mathematical, Physical and Engineering Sciences, 2014, V. 372, № 2024, 2013.0249.

· #216

Di Achille G., Hynek B. M. Ancient ocean on Mars supported by global distribution of deltas and valleys // Nature Geoscience, 2010, V. 3, 459–463.

· #217

Huber C., Wachtershauser G. ?-Hydroxy and ?-amino acids under possible Hadean, volcanic origin-of-life conditions // Science, 2006, V. 314, № 5799, 630–632.

· #218

Martin W., Russell M. J. On the origin of biochemistry at an alkaline hydrothermal vent // Philosophical Transactions of the Royal Society of London, B: Biological Sciences, 2007, V. 362, № 1486, 1887–1926

· #219

Russell M. J. The alkaline solution to the emergence of life: energy, entropy and early evolution // Acta Biotheoretica, 2007, V. 55, № 2, 133–179.

· #220

Mulkidjanian A. Y. On the origin of life in the zinc world: 1. Photosynthesizing, porous edifices built of hydrothermally precipitated zinc sulfide as cradles of life on Earth // Biology Direct, 2009, V. 4, № 1, 26.

· #221

Mulkidjanian A. Y., Galperin M. Y. On the origin of life in the zinc world. 2. Validation of the hypothesis on the photosynthesizing zinc sulfide edifices as cradles of life on Earth // Biology Direct, 2009, V. 4, № 1, 27.

· #222

Wachtershauser G. On the chemistry and evolution of the pioneer organism // Chemistry & Biodiversity, 2007, V. 4, № 4, 584–602.

· #223

Руденко А. П. Теория развития открытых каталитических систем. — М.: Издательство МГУ, 1969.

· #224

Huber C., Eisenreich W., Wachtersh?user G. Synthesis of ?-amino and ?-hydroxy acids under volcanic conditions: implications for the origin of life // Tetrahedron Letters, 2010, V. 51, № 7, 1069–1071.

· #225

Wachtershauser G. Origin of life: RNA world versus autocatalytic anabolist // The Prokaryotes. Springer Berlin Heidelberg, 2013. 81–88.

· #226

О том, как возник аппарат трансляции, подробно рассказано в книге: Никитин М. Происхождение жизни. От туманности до клетки. — М.: Альпина нон-фикшн, 2018.

· #227

Leipe D. D., Aravind L., Koonin E. V. Did DNA replication evolve twice independently? // Nucleic Acids Research, 1999, V. 27, № 17, 3389–3401.

· #228

Takeuchi N., Hogeweg P. Evolutionary dynamics of RNA-like replicator systems: a bioinformatic approach to the origin of life // Physics of Life Reviews, 2012, V. 9, № 3, 219–263.

· #229

Гусев М. В., Минеева Л. А. Микробиология. — М.: Издательство МГУ, 1992.

· #230

Заренков Н. А. Лекции по теории систематики. — М.: Издательство МГУ, 1996.

· #231

Лункевич В. В. От Гераклита до Дарвина. — М.: Издательство Министерства просвещения РСФСР, 1960. Т. 1.

· #232

Willdenow K. L. The principles of botany, and of vegetable physiology. Edinburgh, University Press, 1805.

· #233

Ellis J. On the Nature and Formation of Sponges: In a Letter from John Ellis, Esquire, FRS to Dr. Solander, FRS // Philosophical Transactions, 1765, V. 55, 280–289.

· #234

Ragan M. A. A third kingdom of eukaryotic life: History of an idea // Archiv fur Protistenkunde, 1997, V. 148, № 3, 225–243.

· #235

Sapp J. Genesis: the evolution of biology. Oxford University Press (USA), 2003.

· #236

Hogg J. On the distinctions of a plant and an animal, and on a fourth kingdom of nature // The Edinburgh New Philosophical Journal, 1860, V. 12.

· #237

Sapp J. The new foundations of evolution: on the tree of life. Oxford University Press (USA), 2009.

· #238

Copeland H. F. The kingdoms of organisms // The Quarterly Review of Biology, 1938, V. 13, № 4, 383–420.

· #239

Katscher F. The history of the terms prokaryotes and eukaryotes // Protist, 2004, V. 155, № 2, 257–263.

· #240

Whittaker R. H. New concepts of kingdoms of organisms // Science, 1969, V. 163, № 3863, 150–160.

· #241

Hennig W. Phylogenetic systematics // Annual Review of Entomology, 1965, V. 10, № 1, 97–116.

· #242

Клюге Н. Ю. Современная систематика насекомых. Принципы систематики живых организмов и общая система насекомых с классификацией первичнобескрылых и древнекрылых. — СПб.: Лань, 2000.

· #243

Leedale G. F. How many are the kingdoms of organisms? // Taxon, 1974, V. 23, № 2/3, 261–270.

· #244

Watanabe Y. et al. Introns in protein-coding genes in Archaea // FEBS Letters, 2002, V. 510, № 1/2, 27–30.

· #245

Woese C. R., Kandler O., Wheelis M. L. Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya // Proceedings of the National Academy of Sciences, 1990, V. 87, № 12, 4576–4579.

· #246

Stanier R. Y., Van Niel C. B. The concept of a bacterium // Archiv fur Mikrobiologie, 1962, V. 42, № 1, 17–35.

· #247

Woese C. R., Fox G. E. Phylogenetic structure of the prokaryotic domain: the primary kingdoms // Proceedings of the National Academy of Sciences, 1977, V. 74, № 11, 5088–5090.

· #248

Williams T. A. et al. An archaeal origin of eukaryotes supports only two primary domains of life // Nature, 2013, V. 504, 231–236.

· #249

Hug L. A. et al. A new view of the tree of life // Nature Microbiology, 2016, V. 1, 16048.

· #250

Gribaldo S. et al. The origin of eukaryotes and their relationship with the Archaea: are we at a phylogenomic impasse? // Nature Reviews. Microbiology, 2010, V. 8, № 10, 743–752.

· #251

Embley T. M., Williams T. A. Steps on the road to eukaryotes // Nature, 2015, V. 521, 169–170.

· #252

Zaremba-Niedzwiedzka K. et al. Asgard archaea illuminate the origin of eukaryotic cellular complexity // Nature, 2017, V. 541, 353–358.

· #253

Единственный эукариот, у которого не удалось обнаружить не только остатков митохондрий, но и никаких митохондриальных белков, — бесцветный жгутиконосец Monocercomonoides, относящийся к супергруппе Excavata. Но из положения этого жгутиконосца на филогенетическом древе однозначно следует, что и у его предков митохондрии когда-то были. Karnkowska A. et al. A eukaryote without a mitochondrial organelle // Current Biology, 2016, V. 26, № 10, 1274–1284.

· #254

Fuerst J. A. Intracellular compartmentation in planctomycetes // Annual Review of Microbiology, 2005, V. 59, 299–328.

· #255

Fuerst J. A. Beyond prokaryotes and eukaryotes: planctomycetes and cell organization // Nature Education, 2010, V. 3, № 9, 44.

· #256

McInerney J. O. et al. Planctomycetes and eukaryotes: a case of analogy not homology // Bioessays, 2011, V. 33, № 11, 810–817.

· #257

Yutin N. et al. The origins of phagocytosis and eukaryogenesis // Biology Direct, 2009, V. 4, № 1, 9.

· #258

Baum D. A., Baum B. An inside-out origin for the eukaryotic cell // BMC Biology, 2014, V. 12, № 1, 76.

· #259

Sogin M. L. Early evolution and the origin of eukaryotes // Current Opinion in Genetics & Development, 1991, V. 1, № 4, 457–463.

· #260

Gupta R. S. et al. Cloning of Giardia lamblia heat shock protein HSP70 homologs: implications regarding origin of eukaryotic cells and of endoplasmic reticulum // Proceedings of the National Academy of Sciences, 1994, V. 91, № 8, 2895–2899.

· #261

Lake J. A., Rivera M. C. Was the nucleus the first endosymbiont? // Proceedings of the National Academy of Sciences, 1994, V. 91, № 8, 2880–2881.

· #262

Moreira D., Lopez-Garcia P. Symbiosis between methanogenic archaea and ?-proteobacteria as the origin of eukaryotes: the syntrophic hypothesis // Journal of Molecular Evolution, 1998, V. 47, № 5, 517–530.

· #263

Lopez-Garcia P., Moreira D. Metabolic symbiosis at the origin of eukaryotes // Trends in Biochemical Sciences, 1999, V. 24, № 3, 88–93.

· #264

Lake J. A. Eukaryotic origins // Philosophical Transactions of the Royal Society of London, B: Biological Sciences, 2015, V. 370, № 1678, 20140321.

· #265

Lopez-Garcia P., Moreira D. Open questions on the origin of eukaryotes // Trends in Ecology & Evolution, 2015, V. 30, № 11, 697–708.

· #266

Gupta R. S., Golding G. B. The origin of the eukaryotic cell // Trends in Biochemical Sciences, 1996, V. 21, № 5, 166–171.

· #267

Lopez-Garcia, Moreira, 2015.

· #268

Там же.

· #269

Марков А. В., Куликов A. M. Происхождение эвкариот: выводы из анализа белковых гомологий в трех надцарствах живой природы // Происхождение и эволюция биосферы. — Новосибирск: ИК РАН, 2005.

· #270

Takishita K., Inagaki Y. Eukaryotic origin of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase genes in Clostridium thermocellum and Clostridium cellulolyticum genomes and putative fates of the exogenous gene in the subsequent genome evolution // Gene, 2009, V. 441, № 1, 22–27.

· #271

Nelson-Sathi S. et al. Origins of major archaeal clades correspond to gene acquisitions from bacteria // Nature, 2015, V. 517, 77–80.

· #272

Shimada H., Yamagishi A. Stability of heterochiral hybrid membrane made of bacterial sn-G3P lipids and archaeal sn-G1P lipids // Biochemistry, 2011, V. 50, № 19, 4114–4120.

· #273

Hartman H., Fedorov A. The origin of the eukaryotic cell: a genomic investigation // Proceedings of the National Academy of Sciences, 2002, V. 99, № 3, 1420–1425.

· #274

Taylor F. J. R. Problems in the development of an explicit hypothetical phylogeny of the lower eukaryotes // BioSystems, 1978, V. 10, № 1/2, 67–89.

· #275

Schulze F. E. XXXII. — On the relationship of the sponges to the Choanoflagellata // Journal of Natural History, 1885, V. 15, № 89, 365–377.

· #276

Cavalier-Smith T. Eukaryote kingdoms: seven or nine? // BioSystems, 1981, V. 14, № 3/4, 461–481

· #277

Cavalier-Smith T. The origin of eukaryote and archaebacterial cells // Annals of the New York Academy of Sciences, 1987, V. 503, № 1, 17–54.

· #278

Baroin A. et al. Partial phylogeny of the unicellular eukaryotes based on rapid sequencing of a portion of 28S ribosomal RNA // Proceedings of the National Academy of Sciences, 1988, V. 85, № 10, 3474–3478.

· #279

Lynn D. H., Sogin M. L. Assessment of phylogenetic relationships among ciliated protists using partial ribosomal RNA sequences derived from reverse transcripts // BioSystems, 1988, V. 21, № 3/4, 249–254.

· #280

Mollenhauer D. Adolf Pascher (1881–1945) — Romantic Phycologist // Protist, 2001, V. 152, № 3, 231–238.

· #281

Baldauf S. L. et al. A kingdom-level phylogeny of eukaryotes based on combined protein data // Science, 2000, V. 290, № 5493, 972–977.

· #282

Baldauf S. L. The deep roots of eukaryotes // Science, 2003, V. 300, № 5626, 1703–1706.

· #283

Adl S. M. et al. The new higher level classification of eukaryotes with emphasis on the taxonomy of protists // Journal of Eukaryotic Microbiology, 2005, V. 52, № 5, 399–451.

· #284

Keeling P. J. et al. The tree of eukaryotes // Trends in Ecology & Evolution, 2005, V. 20, № 12, 670–676.

· #285

Baldauf S. L. An overview of the phylogeny and diversity of eukaryotes // Journal of Systematics and Evolution, 2008, V. 46, № 3, 263–273.

· #286

Koonin E. V. The origin and early evolution of eukaryotes in the light of phylogenomics // Genome Biology, 2010, V. 11, № 5, 209.

· #287

Adl S. M. et al. The revised classification of eukaryotes // Journal of Eukaryotic Microbiology, 2012, V. 59, № 5, 429–514.

· #288

Леонтьев Д. В. Общая биология: система органического мира. Конспект лекций (издание 2-е). — Харьковская государственная зооветеринарная академия, 2014.

· #289

Алешин В. В. Филогения беспозвоночных в свете молекулярных данных: перспективы завершения филогенетики как науки // Труды Зоологического института РАН. 2013. Т. 317, приложение № 2, 9–38.

· #290

Simpson A. G. B., Roger A. J. The real ‘kingdoms’ of eukaryotes // Current Biology, 2004, V. 14, № 17, R693 — R696.

· #291

Keeling P. J. Diversity and evolutionary history of plastids and their hosts // American Journal of Botany, 2004, V. 91, № 10, 1481–1493.

· #292

Mullner A. N. et al. Phylogenetic analysis of phagotrophic, photomorphic and osmotrophic euglenoids by using the nuclear 18S rDNA sequence // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2001, V. 51, № 3, 783–791.

· #293

Marin B. Origin and fate of chloroplasts in the euglenoida // Protist, 2004, V. 155, № 1, 13–14.

· #294

Pringsheim E. G., Hovasse R. The loss of chromatophores in Euglena gracilis // New Phytologist, 1948, V. 47, № 1, 52–87.

· #295

Kolisko M. et al. A wide diversity of previously undetected free-living relatives of diplomonads isolated from marine / saline habitats // Environmental Microbiology, 2010, V. 12, № 10, 2700–2710.

· #296

Hongoh Y. et al. Genome of an endosymbiont coupling N2 fixation to cellulolysis within protist cells in termite gut // Science, 2008, V. 322, № 5904, 1108–1109.

· #297

Carpenter K. J., Keeling P. J. Morphology and phylogenetic position of Eucomonympha imla (Parabasalia: Hypermastigida) // Journal of Eukaryotic Microbiology, 2007, V. 54, № 4, 325–332.

· #298

Misof B. et al. Phylogenomics resolves the timing and pattern of insect evolution // Science, 2014, V. 346, № 6210, 763–767.

· #299

Sutherland J. L. et al. Protozoa from Australian termites // Quarterly Journal of Microscopic Science, 1933, V. 76, 145–173.

· #300

Wenzel M. et al. Identification of the ectosymbiotic bacteria of Mixotricha paradoxa involved in movement symbiosis // European Journal of Protistology, 2003, V. 39, № 1, 11–23.

· #301

Margulis L. The conscious cell // Annals of the New York Academy of Sciences, 2001, V. 929, № 1, 55–70.

· #302

Radek R., Nitsch G. Ectobiotic spirochetes of flagellates from the termite Mastotermes darwiniensis: attachment and cyst formation // European Journal of Protistology, 2007, V. 43, № 4, 281–294.

· #303

Brugerolle G. Devescovinid features, a remarkable surface cytoskeleton, and epibiotic bacteria revisited in Mixotricha paradoxa, a parabasalid flagellate // Protoplasma, 2004, V. 224, № 1, 49–59.

· #304

Wier A. et al. Spirochete and protist symbionts of a termite (Mastotermes electrodominicus) in Miocene amber // Proceedings of the National Academy of Sciences, 2002, V. 99, № 3, 1410–1413.

· #305

Заварзин Г. А. Роль комбинаторных событий в развитии биоразнообразия // Природа. 2002. № 1.

· #306

Красилов В. А. Нерешенные проблемы теории эволюции. — Владивосток: Дальневосточный научный центр АН СССР, 1986.

· #307

Keeling P. J. The endosymbiotic origin, diversification and fate of plastids // Philosophical Transactions of the Royal Society of London, B: Biological Sciences, 2010, V. 365, № 1541, 729–748.

· #308

Beakes G. W., Glockling S. L., Sekimoto S. The evolutionary phylogeny of the oomycete «fungi» // Protoplasma, 2012, V. 249, № 1, 3–19.

· #309

Turner A. Microscopical advances: the posterity of Huygens’ simple microscope of 1678 // ENDOXA, 2004, V. 1, № 19, 41–58.

· #310

Hadzi J. An attempt to reconstruct the system of animal classification // Systematic Zoology, 1953, V. 2, № 4, 145–154.

· #311

Leander B. S. et al. Molecular phylogeny and surface morphology of Colpodella edax (Alveolata): insights into the phagotrophic ancestry of apicomplexans // Journal of Eukaryotic Microbiology, 2003, V. 50, № 5, 334–340.

· #312

Obornik M. et al. Evolution of the apicoplast and its hosts: from heterotrophy to autotrophy and back again // International Journal for Parasitology, 2009, V. 39, № 1, 1–12.

· #313

Adl et al., 2005.

· #314

Cavalier-Smith T. A revised six-kingdom system of life // Biological Reviews, 1998, V. 73, № 3, 203–266.

· #315

Finet C. et al. Multigene phylogeny of the green lineage reveals the origin and diversification of land plants // Current Biology, 2010, V. 20, № 24, 2217–2222.

· #316

Wickett N. J. et al. Phylotranscriptomic analysis of the origin and early diversification of land plants // Proceedings of the National Academy of Sciences, 2014, V. 111, № 45, E4859 — E4868.

· #317

Graham L. E. et al. Aeroterrestrial Coleochaete (Streptophyta, Coleochaetales) models early plant adaptation to land // American Journal of Botany, 2012, V. 99, № 1, 130–144.

· #318

Пономаренко А. Г. Основные события в эволюции биосферы // Проблемы доантропогенной эволюции биосферы. — М.: Наука, 1993.

· #319

Kenrick B. Alternation of generations in land plants: new phylogenetic and palaeobotanical evidence // Biological Reviews, 1994, V. 69, № 3, 293–330.

· #320

Graham L. E., Cook M. E., Busse J. S. The origin of plants: body plan changes contributing to a major evolutionary radiation // Proceedings of the National Academy of Sciences, 2000, V. 97, № 9, 4535–4540.

· #321

Журавлев А. Ю. Ранняя история Metazoa — взгляд палеонтолога // Журнал общей биологии. 2014. Т. 75. № 6, 411–465.

· #322

Fritzsch B., Straka H. Evolution of vertebrate mechanosensory hair cells and inner ears: toward identifying stimuli that select mutation driven altered morphologies // Journal of Comparative Physiology A, 2014, V. 200, № 1, 5–18.

· #323

Pena J. F. et al. Conserved expression of vertebrate microvillar gene homologs in choanocytes of freshwater sponges // EvoDevo, 2016, V. 7, № 1, 13.

· #324

James T. Y., Berbee M. L. No jacket required — new fungal lineage defies dress code // Bioessays, 2012, V. 34, № 2, 94–102.

· #325

Karpov S. A. et al. Obligately phagotrophic aphelids turned out to branch with the earliest-diverging fungi // Protist, 2013, V. 164, № 2, 195–205.

· #326

Karpov S. A. et al. Morphology, phylogeny, and ecology of the aphelids (Aphelidea, Opisthokonta) and proposal for the new superphylum Opisthosporidia // Frontiers in Microbiology, 2014, V. 5, 112.

· #327

Mendoza L., Taylor J. W., Ajello L. The class Mesomycetozoea: a heterogeneous group of microorganisms at the animal-fungal boundary // Annual Reviews in Microbiology, 2002, V. 56, № 1, 315–344.

· #328

Suga H., Ruiz-Trillo I. Development of ichthyosporeans sheds light on the origin of metazoan multicellularity // Developmental Biology, 2013, V. 377, № 1, 284–292.

· #329

Paps J., Ruiz-Trillo I. Animals and their unicellular ancestors // eLS, 2010.

· #330

Sebe-Pedros A. et al. Unexpected repertoire of metazoan transcription factors in the unicellular holozoan Capsaspora owczarzaki // Molecular Biology and Evolution, 2010, V. 28, № 3, 1241–1254.

· #331

Sebe-Pedros A., Ruiz-Trillo I. Evolution and Classification of the T-Box Transcription Factor Family // Current Topics in Developmental Biology, 2017, V. 122, 1–26.

· #332

Sebe-Pedros A. et al. Early evolution of the T-box transcription factor family // Proceedings of the National Academy of Sciences, 2013, V. 110, № 40, 16050–16055.

· #333

Mikhailov K. V. et al. The origin of Metazoa: a transition from temporal to spatial cell differentiation // Bioessays, 2009, V. 31, № 7, 758–768.

· #334

Paps J. et al. Molecular phylogeny of unikonts: new insights into the position of apusomonads and ancyromonads and the internal relationships of opisthokonts // Protist, 2013, V. 164, № 1, 2–12.

· #335

Sebe-Pedros A., Degnan B. M., Ruiz-Trillo I. The origin of Metazoa: a unicellular perspective // Nature Reviews. Genetics, 2017, V. 18, 498–512.

· #336

James T. Y. et al. Reconstructing the early evolution of Fungi using a six-gene phylogeny // Nature, 2006, V. 443, 818–822.

· #337

Xu H. et al. The ?-aminoadipate pathway for lysine biosynthesis in fungi // Cell Biochemistry and Biophysics, 2006, V. 46, № 1, 43–64.

· #338

Vogel H. J. Distribution of lysine pathways among fungi: evolutionary implications // The American Naturalist, 1964, V. 98, № 903, 435–446.

· #339

Moroz L. L. On the independent origins of complex brains and neurons // Brain, Behavior and Evolution, 2009, V. 74, № 3, 177–190.

· #340

Moroz L. L. et al. The ctenophore genome and the evolutionary origins of neural systems // Nature, 2014, V. 510, № 7503, 109–114.

· #341

Jekely G., Paps J., Nielsen C. The phylogenetic position of ctenophores and the origin (s) of nervous systems // EvoDevo, 2015, V. 6, № 1, 1.

· #342

Малахов В. В. Симметрия и щупальцевый аппарат книдарий // «Биология моря», 2016, т. 42, № 4, 249–259.

· #343

Holland P. W. H. Did homeobox gene duplications contribute to the Cambrian explosion? // Zoological Letters, 2015, V. 1, № 1, 1.

· #344

Adl et al., 2005.

· #345

Butterfield N. J. Early evolution of the Eukaryota // Palaeontology, 2015, V. 58, № 1, 5–17.

· #346

Burki F. et al. Phylogenomics reshuffles the eukaryotic supergroups // PloS One, 2007, V. 2, № 8, e790.

· #347

Hackett J. D. et al. Phylogenomic analysis supports the monophyly of cryptophytes and haptophytes and the association of rhizaria with chromalveolates // Molecular Biology and Evolution, 2007, V. 24, № 8, 1702–1713.

· #348

He D. et al. Reducing long-branch effects in multi-protein data uncovers a close relationship between Alveolata and Rhizaria // Molecular Phylogenetics and Evolution, 2016, V. 101, 1–7.

· #349

Adl et al., 2012.

· #350

Burki F. et al. The evolutionary history of haptophytes and cryptophytes: phylogenomic evidence for separate origins // Proceedings of the Royal Society of London, B: Biological Sciences, 2012, rspb20112301.

· #351

Cavalier-Smith T. Kingdoms Protozoa and Chromista and the eozoan root of the eukaryotic tree // Biology Letters, 2010, V. 6, № 3, 342–345.

· #352

Cavalier-Smith T. Protist phylogeny and the high-level classification of Protozoa // European Journal of Protistology, 2003, V. 39, № 4, 338–348.

· #353

Stechmann A., Cavalier-Smith T. The root of the eukaryote tree pinpointed // Current Biology, 2003, V. 13, № 17, R665 — R666.

· #354

Cavalier-Smith T. Megaphylogeny, cell body plans, adaptive zones: causes and timing of eukaryote basal radiations // Journal of Eukaryotic Microbiology, 2009, V. 56, № 1, 26–33.

· #355

Roger A. J., Simpson A. G. B. Evolution: revisiting the root of the eukaryote tree // Current Biology, 2009, V. 19, № 4, R165 — R167.

· #356

Burki et al., 2007.

· #357

Baldauf, 2008.

· #358

Hampl V. et al. Phylogenomic analyses support the monophyly of Excavata and resolve relationships among eukaryotic «supergroups» // Proceedings of the National Academy of Sciences, 2009, V. 106, № 10, 3859–3864.

· #359

He D. et al. An alternative root for the eukaryote tree of life // Current Biology, 2014, V. 24, № 4, 465–470.

· #360

Adl et al., 2012.

· #361

Cavalier-Smith T. Deep phylogeny, ancestral groups and the four ages of life // Philosophical Transactions of the Royal Society of London, B: Biological Sciences, 2010, V. 365, № 1537, 111–132.

· #362

Cavalier-Smith T. Early evolution of eukaryote feeding modes, cell structural diversity, and classification of the protozoan phyla Loukozoa, Sulcozoa, and Choanozoa // European Journal of Protistology, 2013, V. 49, № 2, 115–178.

· #363

Cavalier-Smith T. Symbiogenesis: mechanisms, evolutionary consequences, and systematic implications // Annual Review of Ecology, Evolution, and Systematics, 2013a, V. 44, 145–172.

· #364

Cavalier-Smith T. et al. Multigene eukaryote phylogeny reveals the likely protozoan ancestors of opisthokonts (animals, fungi, choanozoans) and Amoebozoa // Molecular Phylogenetics and Evolution, 2014, V. 81, 71–85.

· #365

Cavalier-Smith T. Origin of animal multicellularity: precursors, causes, consequences — the choanoflagellate / sponge transition, neurogenesis and the Cambrian explosion // Philosophical Transactions of the Royal Society, B: Biological Sciences, 2017, V. 372, 1713.

· #366

Cavalier-Smith, 2009.

· #367

Cavalier-Smith T. The origins of plastids // Biological Journal of the Linnean Society, 1982, V. 17, № 3, 289–306.

· #368

Cavalier-Smith, 2013a.

· #369

Keeling P. J. Diversity and evolutionary history of plastids and their hosts // American Journal of Botany, 2004, V. 91, № 10, 1481–1493.

· #370

Burki F. The eukaryotic tree of life from a global phylogenomic perspective // Cold Spring Harbor. Perspectives in Biology, 2014, V. 6, № 5, a016147.

· #371

Adl et al., 2012.

· #372

Burki F., Shalchian-Tabrizi K., Pawlowski J. Phylogenomics reveals a new ‘megagroup’ including most photosynthetic eukaryotes // Biology Letters, 2008, V. 4, № 4, 366–369.

· #373

Hampl et al., 2009.

· #374

Adl et al., 2012.

· #375

Germot A., Philippe H. Critical analysis of eukaryotic phylogeny: a case study based on the HSP70 family // Journal of Eukaryotic Microbiology, 1999, V. 46, № 2, 116–124.

· #376

Germot, Philippe, 1999.

· #377

Philippe H., Germot A., Moreira D. The new phylogeny of eukaryotes // Current Opinion in Genetics & Development, 2000, V. 10, № 6, 596–601.

· #378

Philippe H. Early — branching or fast — evolving eukaryotes? An answer based on slowly evolving positions // Proceedings of the Royal Society of London, B: Biological Sciences, 2000, V. 267, № 1449, 1213–1221.

· #379

Philippe, 2000.

· #380

Philippe et al., 2000. «Примитивность» — двусмысленный термин. В данном случае Эрве Филипп называет примитивностью раннее отхождение группы от общего ствола (а не простоту организации или сходство с общим предком — такие значения термина «примитивность» тоже существуют, но здесь они неактуальны).

· #381

Baldauf, 2003.

· #382

Завадский К. М., Колчинский Э. И. Эволюция эволюции. — Л.: Наука, 1977.

· #383

Simpson G. G. Periodicity in vertebrate evolution // Journal of Paleontology, 1952, V. 26, № 3, 359–370.

· #384

Colbert E. H. Explosive evolution // Evolution, 1953, V. 7, № 1, 89–90.

· #385

Chaline J. Rodents, evolution, and prehistory // Endeavour, 1977, V. 1, № 2, 44–51.

· #386

Rokas A., Carroll S. B. Bushes in the tree of life // PLoS Biology, 2006, V. 4, № 11, e352.

· #387

Pawlowski J. The new micro-kingdoms of eukaryotes // BMC Biology, 2013, V. 11, № 1, 40.

· #388

Walker G., Dacks J. B., Martin Embley T. Ultrastructural description of Breviata anathema, n. gen., n. sp., the organism previously studied as «Mastigamoeba invertens» // Journal of Eukaryotic Microbiology, 2006, V. 53, № 2, 65–78.

· #389

Heiss A. A., Walker G., Simpson A. G. B. The flagellar apparatus of Breviata anathema, a eukaryote without a clear supergroup affinity // European Journal of Protistology, 2013, V. 49, № 3, 354–372.

· #390

Minge M. A. et al. Evolutionary position of breviate amoebae and the primary eukaryote divergence // Proceedings of the Royal Society of London, B: Biological Sciences, 2009, V. 276, № 1657, 597–604.

· #391

Burki, 2014.

· #392

Brown M. W. et al. Phylogenomics demonstrates that breviate flagellates are related to opisthokonts and apusomonads // Proceedings of the Royal Society of London, B: Biological Sciences, 2013, V. 280, № 1769, 20131755.

· #393

Cavalier-Smith, 2009.

· #394

Cavalier-Smith T., Chao E. E. Phylogeny and evolution of apusomonadida (protozoa: apusozoa): new genera and species // Protist, 2010, V. 161, № 4, 549–576.

· #395

Torruella G., Moreira D., Lopez-Garcia P. Phylogenetic and ecological diversity of apusomonads, a lineage of deep-branching eukaryotes // Environmental Microbiology Reports, 2017, V. 9, № 2, 113–119.

· #396

Brown et al., 2013.

· #397

Paps J. et al. Molecular phylogeny of unikonts: new insights into the position of apusomonads and ancyromonads and the internal relationships of opisthokonts // Protist, 2013, V. 164, № 1, 2–12.

· #398

Cavalier-Smith et al., 2014.

· #399

Atkins M. S., McArthur A. G., Teske A. P. Ancyromonadida: a new phylogenetic lineage among the protozoa closely related to the common ancestor of metazoans, fungi, and choanoflagellates (Opisthokonta) // Journal of Molecular Evolution, 2000, V. 51, № 3, 278–285.

· #400

Carter H. J. XXXII. — On the fresh-and salt-water Rhizopoda of England and India // Journal of Natural History, 1865, V. 15, № 88, 277–293.

· #401

Brugerolle G. et al. Collodictyon triciliatum and Diphylleia rotans (= Aulacomonas submarina) form a new family of flagellates (Collodictyonidae) with tubular mitochondrial cristae that is phylogenetically distant from other flagellate groups // Protist, 2002, V. 153, № 1, 59–70.

· #402

Zhao S. et al. Collodictyon — an ancient lineage in the tree of eukaryotes // Molecular Biology and Evolution, 2012, V. 29, № 6, 1557–1568.

· #403

Brown et al., 2013.

· #404

Burki, 2014.

· #405

Cavalier-Smith T. et al. Multigene phylogeny resolves deep branching of Amoebozoa // Molecular Phylogenetics and Evolution, 2015, V. 83, 293–304.

· #406

Burki, 2014.

· #407

Голиченков В. А., Никерясова Е. Н., Попов Д. В. Значение массы клеток для становления и эволюции онтогенеза // Современная эволюционная морфология. — Киев: Наукова думка, 1991. С. 130–139.

· #408

Corliss J. O. The kingdom Protista and its 45 phyla // BioSystems, 1984, V. 17, № 2, 87–126.

· #409

Corliss J. O. Protistan diversity and origins of multicellular / multitissued organisms // Italian Journal of Zoology, 1989, V. 56, № 3, 227–234.

· #410

Dickinson D. J., Nelson W. J., Weis W. I. An epithelial tissue in Dictyostelium challenges the traditional origin of metazoan multicellularity // BioEssays, 2012, V. 34, № 10, 833–840.

· #411

Dickinson D. J., Nelson W. J., Weis W. I. Studying epithelial morphogenesis in Dictyostelium // Tissue morphogenesis: methods and protocols. Springer New York, 2015. 267–281.

· #412

Miller P. W. et al. The evolutionary origin of epithelial cell-cell adhesion mechanisms // Current Topics in Membranes, 2013, V. 72, 267–311.

· #413

Worley A. C., Raper K. B., Hohl M. Fonticula alba: a new cellular slime mold (Acrasiomycetes) // Mycologia, 1979, V. 71, № 4, 746–760.

· #414

Deasey M. C. Spore formation by the cellular slime mold Fonticula alba // Mycologia, 1982, V. 74, № 4, 607–613.

· #415

Brown M. W., Spiegel F. W., Silberman J. D. Phylogeny of the «forgotten» cellular slime mold, Fonticula alba, reveals a key evolutionary branch within Opisthokonta // Molecular Biology and Evolution, 2009, V. 26, № 12, 2699–2709.

· #416

Paps, Ruiz-Trillo, 2010.

· #417

Brown M. W. et al. Aggregative multicellularity evolved independently in the eukaryotic supergroup Rhizaria // Current Biology, 2012, V. 22, № 12, 1123–1127.

· #418

Mikhailov et al., 2009.

· #419

Беклемишев К. В. Зоология беспозвоночных. Курс лекций. — М.: Издательство МГУ, 1979.

· #420

Kirschner M., Gerhart J. Evolvability // Proceedings of the National Academy of Sciences, 1998, V. 95, № 15, 8420–8427.

· #421

Rupke N. A. Richard Owen’s vertebrate archetype // Isis, 1993, V. 84, № 2, 231–251.

· #422

Список может показаться произвольным, но это совершенно неизбежная особенность выбранного подхода. Произвольной (в той или иной степени) будет любая попытка выделить счетное число пороговых событий в истории жизни на целой планете. Хотя, разумеется, каждый сделанный тут выбор имеет свое объяснение: например, появление эукариот не вошло в список, потому что его можно включить в тему кислородной революции, а появление первых многоклеточных животных — потому что его гораздо труднее датировать, чем кембрийский взрыв.

· #423

De Duve C. Constraints on the origin and evolution of life // Proceedings of the American Philosophical Society, 1998, V. 142, № 4, 525–532.

· #424

Fedo C. M., Whitehouse M. J. Metasomatic origin of quartz-pyroxene rock, Akilia, Greenland, and implications for Earth’s Earliest Life // Science, 2002, V. 296, № 5572, 1448–1452.

· #425

Nutman A. P. et al. Rapid emergence of life shown by discovery of 3,700-million-year-old microbial structures // Nature, 2016, V. 537, 535–538.

· #426

Bell E. A. et al. Potentially biogenic carbon preserved in a 4.1 billion-year-old zircon // Proceedings of the National Academy of Sciences, 2015, V. 112, № 47, 14518–14521.

· #427

Harrison T. M., Bell E. A., Boehnke P. Hadean zircon petrochronology // Reviews in Mineralogy and Geochemistry, 2017, V. 83, № 1, 329–363.

· #428

Woese C. R. On the evolution of cells // Proceedings of the National Academy of Sciences, 2002, V. 99, № 13, 8742–8747.

· #429

Wacey D. et al. Microfossils of sulphur-metabolizing cells in 3.4-billion-year-old rocks of Western Australia // Nature Geoscience, 2011, V. 4, № 10, 698–702.

· #430

Sessions A. L. et al. The continuing puzzle of the great oxidation event // Current Biology, 2009, V. 19, № 14, R₅₆7–R⁵⁷⁴.

· #431

Schopf J. W. The fossil record of cyanobacteria // Ecology of cyanobacteria II. Springer Netherlands, 2012. 15–36.

· #432

Barbieri M. Code Biology. A New Science of Life. Springer, 2015.

· #433

Lyons T. W., Reinhard C. T., Planavsky N. J. The rise of oxygen in Earth’s early ocean and atmosphere // Nature, 2014, V. 506, 307–315.

· #434

Esser C. et al. A genome phylogeny for mitochondria among ?-proteobacteria and a predominantly eubacterial ancestry of yeast nuclear genes // Molecular Biology and Evolution, 2004, V. 21, № 9, 1643–1660.

· #435

Кунин Е. В. Логика случая. — М.: Центрполиграф, 2014.

· #436

Марков А. В., Куликов A. M. Происхождение эвкариот: выводы из анализа белковых гомологий в трех надцарствах живой природы // Происхождение и эволюция биосферы. — Новосибирск: ИК РАН, 2005.

· #437

Уорд П., Киршвинк Д. Новая история жизни на Земле. — СПб.: Питер, 2016.

· #438

Wang Y., Wang Y., Du W. The long-ranging macroalga Grypania spiralis from the Ediacaran Doushantuo Formation, Guizhou, South China // Alcheringa: An Australasian Journal of Palaeontology, 2016, V. 40, № 3, 303–312.

· #439

Butterfield N. J. Early evolution of the Eukaryota // Palaeontology, 2015, V. 58, № 1, 5–17.

· #440

Retallack G. J. et al. Problematic urn-shaped fossils from a Paleoproterozoic (2.2 Ga) paleosol in South Africa // Precambrian Research, 2013, V. 235, 71–87.

· #441

El Albani A. et al. Large colonial organisms with coordinated growth in oxygenated environments 2.1 Gyr ago // Nature, 2010, V. 466, 100–104.

· #442

Knoll A. H. et al. Eukaryotic organisms in Proterozoic oceans // Philosophical Transactions of the Royal Society of London, B: Biological Sciences, 2006, V. 361, № 1470, 1023–1038.

· #443

Bengtson S. et al. Fungus-like mycelial fossils in 2.4-billion-year-old vesicular basalt // Nature Ecology & Evolution, 2017, V. 1, 0141.

· #444

Rasmussen B. et al. Reassessing the first appearance of eukaryotes and cyanobacteria // Nature, 2008, V. 455, № 7216, 1101–1104.

· #445

Kopp R. E. et al. The Paleoproterozoic snowball Earth: a climate disaster triggered by the evolution of oxygenic photosynthesis // Proceedings of the National Academy of Sciences, 2005, V. 102, № 32, 11131–11136.

· #446

Knoll A. H. et al. Eukaryotic organisms in Proterozoic oceans // Philosophical Transactions of the Royal Society of London, B: Biological Sciences, 2006, V. 361, № 1470, 1023–1038.

· #447

Butterfield N. J. Probable proterozoic fungi // Paleobiology, 2005, V. 31, № 1, 165–182.

· #448

Retallack G. J. et al. Problematic urn-shaped fossils from a Paleoproterozoic (2.2 Ga) paleosol in South Africa // Precambrian Research, 2013, V. 235, 71–87.

· #449

Nursall J. R. Oxygen as a prerequisite to the origin of the Metazoa // Nature, 1959, V. 183, 1170–1172.

· #450

Mills D. B. et al. Oxygen requirements of the earliest animals // Proceedings of the National Academy of Sciences, 2014, V. 111, № 11, 4168–4172.

· #451

Sperling E. A., Knoll A. H., Girguis P. R. The ecological physiology of Earth’s second oxygen revolution // Annual Review of Ecology, Evolution, and Systematics, 2015, V. 46, 215–235.

· #452

Harland W. B., Rudwick M. J. S. The great infra-Cambrian ice age // Scientific American, 1964, V. 211, 28–36.

· #453

Budyko M. I. The effect of solar radiation variations on the climate of the earth // Tellus, 1969, V. 21, № 5, 611–619.

· #454

Ломизе М. Г., Хаин В. Е. Геотектоника с основами геодинамики. — М.: Издательство МГУ, 1995.

· #455

Donnadieu Y. et al. A ‘snowball Earth’ climate triggered by continental break-up through changes in runoff // Nature, 2004, V. 428, 303–306.

· #456

Hoffman P. F., Schrag D. P. Snowball Earth // Scientific American, 1999, № 9.

· #457

Дьяков Ю. Т. Введение в альгологию и микологию. — М.: Издательство МГУ, 2000.

· #458

Kirschvink J. L. Red Earth, White Earth, Green Earth, Black Earth // Engineering and Science, 2005, V. 68, № 4, 10–20.

· #459

Chen L. et al. Cell differentiation and germ-soma separation in Ediacaran animal embryo-like fossils // Nature, 2014, V. 516, 238–241.

· #460

Seilacher A. Evolutionary innovation versus ecological incumbency // Planetary Systems and the Origins of Life. Cambridge, 2007. 193–209.

· #461

Sperling E. A., Vinther J. A placozoan affinity for Dickinsonia and the evolution of late Proterozoic metazoan feeding modes // Evolution & Development, 2010, V. 12, № 2, 201–209.

· #462

Tang F. et al. Eoandromeda and the origin of Ctenophora // Evolution & Development, 2011, V. 13, № 5, 408–414.

· #463

Ivantsov A. Y. New reconstruction of Kimberella, problematic Vendian metazoan // Paleontological Journal, 2009, V. 43, № 6, 601–611.

· #464

Seilacher A., Hagadorn J. W. Early molluscan evolution: evidence from the trace fossil record // Palaios, 2010, V. 25, № 9, 565–575.

· #465

Martin M. W. et al. Age of Neoproterozoic bilatarian body and trace fossils, White Sea, Russia: Implications for metazoan evolution // Science, 2000, V. 288, № 5467, 841–845.

· #466

Budd G. E. The earliest fossil record of the animals and its significance // Philosophical Transactions of the Royal Society of London, B: Biological Sciences, 2008, V. 363, № 1496, 1425–1434.

· #467

Xiao S., Laflamme M. On the eve of animal radiation: phylogeny, ecology and evolution of the Ediacara biota // Trends in Ecology & Evolution, 2009, V. 24, № 1, 31–40.

· #468

Gregory J. W., Barrett B. H. The major terms of the pre-Paleozoic // The Journal of Geology, 1927, V. 35, № 8, 734–742.

· #469

Shu D. On the phylum Vetulicolia // Chinese Science Bulletin, 2005, V. 50, № 20, 2342–2354.

· #470

Журавлев А. Ю. Скелетный докембрий // Природа. 2006. № 12.

· #471

Erwin D. H. et al. The Cambrian conundrum: early divergence and later ecological success in the early history of animals // Science, 2011, V. 334, № 6059, 1091–1097.

· #472

Wheat C. W., Wahlberg N. Phylogenomic insights into the Cambrian explosion, the colonization of land and the evolution of flight in Arthropoda // Systematic Biology, 2012, V. 62, № 1, 93–109.

· #473

Lee M. S. Y., Soubrier J., Edgecombe G. D. Rates of phenotypic and genomic evolution during the Cambrian explosion // Current Biology, 2013, V. 23, № 19, 1889–1895.

· #474

Budd G. E., Jackson I. S. C. Ecological innovations in the Cambrian and the origins of the crown group phyla // Philosophical Transactions of the Royal Society of London, B: Biological Sciences, 2016, V. 371, № 1685, 20150287.

· #475

Isozaki Y. et al. Beyond the Cambrian explosion: from galaxy to genome // Gondwana Research, 2014, V. 3, № 25, 881–883.

· #476

Brennan S. T., Lowenstein T. K., Horita J. Seawater chemistry and the advent of biocalcification // Geology, 2004, V. 32, № 6, 473–476.

· #477

Seilacher A. Biomat-related lifestyles in the Precambrian // Palaios, 1999, V. 14, № 1, 86–93.

· #478

McMenamin M. A. S. The garden of Ediacara // Palaios, 1986, V. 1, № 2, 178–182.

· #479

Laflamme M., Xiao S., Kowalewski M. Osmotrophy in modular Ediacara organisms // Proceedings of the National Academy of Sciences, 2009, V. 106, № 34, 14438–14443.

· #480

Stanley S. M. An ecological theory for the sudden origin of multicellular life in the late Precambrian // Proceedings of the National Academy of Sciences, 1973, V. 70, № 5, 1486–1489.

· #481

Bottjer D. J., Hagadorn J. W., Dornbos S. Q. The Cambrian substrate revolution // GSA Today, 2000, V. 10, № 9, 1–7.

· #482

Butterfield N. J. Plankton ecology and the Proterozoic-Phanerozoic transition // Paleobiology, 1997, V. 23, № 2, 247–262.

· #483

Алешин В. В. и др. О положении насекомых в кладе Pancrustacea // Молекулярная биология. 2009. Т. 43. № 5. 866–881.

· #484

Алешин В. В., Петров Н. Б. Происхождение насекомых: взгляд генетика // Суперкомпьютерные технологии в науке, образовании и промышленности. — М.: Издательство МГУ, 2009.

· #485

Butterfield N. J. Oxygen, animals and oceanic ventilation: an alternative view // Geobiology, 2009, V. 7, № 1, 1–7.

· #486

Zhang X. et al. Triggers for the Cambrian explosion: hypotheses and problems // Gondwana Research, 2014, V. 25, № 3, 896–909.

· #487

Reynolds P. D. The scaphopoda // Advances in Marine Biology, 2002, V. 42, 137–236.

· #488

Mulkidjanian A. Y. et al. Origin of first cells at terrestrial, anoxic geothermal fields // Proceedings of the National Academy of Sciences, 2012, V. 109, № 14, E₈₂₁?E⁸³⁰.

· #489

Beraldi-Campesi H., Retallack G. J. Terrestrial ecosystems in the Precambrian // Biological soil crusts: an organizing principle in drylands. Springer International Publishing, 2016. 37–54.

· #490

Horodyski R. J., Knauth, L. P. Life on Land in the Precambrian // Science, 1994, V. 263, № 5146, 494–498.

· #491

Strother P. K. et al. Earth’s earliest non-marine eukaryotes // Nature, 2011, V. 473, № 7348, 505–509.

· #492

Beraldi-Campesi H. Early life on land and the first terrestrial ecosystems // Ecological Processes, 2013, V. 2, № 1, 1.

· #493

Kennedy M. et al. Late Precambrian oxygenation; inception of the clay mineral factory // Science, 2006, V. 311, № 5766, 1446–1449.

· #494

Yuan X., Xiao S., Taylor T. N. Lichen-like symbiosis 600 million years ago // Science, 2005, V. 308, № 5724, 1017–1020.

· #495

Steemans P. et al. Origin and radiation of the earliest vascular land plants // Science, 2009, V. 324, № 5925, 353–353.

· #496

Graham L. et al. Early terrestrialization: transition from algal to bryophyte grade // Photosynthesis in bryophytes and early land plants. Springer Netherlands, 2014. 9–28.

· #497

Wellman C. H. The nature and evolutionary relationships of the earliest land plants // New Phytologist, 2014, V. 202, № 1, 1–3.

· #498

Kenrick P. et al. A timeline for terrestrialization: consequences for the carbon cycle in the Palaeozoic // Philosophical Transactions of the Royal Society of London, B: Biological Sciences, 2012, V. 367, № 1588, 519–536.

· #499

Wilson H. M. Juliformian millipedes from the Lower Devonian of Euramerica: implications for the timing of millipede cladogenesis in the Paleozoic // Journal of Paleontology, 2006, V. 80, № 4, 638–649.

· #500

Anderson L. I., Trewin N. H. An early Devonian arthropod fauna from the Windyfield cherts, Aberdeenshire, Scotland // Palaeontology, 2003, V. 46, № 3, 467–509.

· #501

Ahlberg P. E., Clack J. A. Palaeontology: a firm step from water to land // Nature, 2006, V. 440, 747–749.

· #502

Selden P. A., Penney D. Fossil spiders // Biological Reviews, 2010, V. 85, № 1, 171–206.

· #503

Garrouste R. et al. A complete insect from the Late Devonian period // Nature, 2012, V. 487, № 7409, 82–85.

· #504

Prokop J., Nel A., Hoch I. Discovery of the oldest known Pterygota in the lower Carboniferous of the Upper Silesian Basin in the Czech Republic (Insecta: Archaeorthoptera) // Geobios, 2005, V. 38, № 3, 383–387.

· #505

Meyer-Berthaud B., Soria A., Decombeix A. L. The land plant cover in the Devonian: a reassessment of the evolution of the tree habit // Geological Society, London, Special Publications, 2010, V. 339, № 1, 59–70.

· #506

Meyer-Berthaud B., Scheckler S. E., Wendt J. Archaeopteris is the earliest known modern tree // Nature, 1999, V. 398, № 6729, 700–701.

· #507

Retallack G. J. Afforestation of the land // Soils of the Past. Springer Netherlands, 1990, 399–421.

· #508

Fielding C. R., Frank T. D., Isbell J. L. The late Paleozoic ice age — a review of current understanding and synthesis of global climate patterns // Geological Society of America Special Papers, 2008, V. 441, 343–354.

· #509

Raup D. M. Size of the Permo-Triassic bottleneck and its evolutionary implications // Science, 1979, V. 206, № 4415, 217–218.

· #510

Bowring S. A. et al. U/Pb zircon geochronology and tempo of the end-Permian mass extinction // Science, 1998, V. 280, № 5366, 1039–1045.

· #511

Raup D. M., Sepkoski J. J. Mass extinctions in the marine fossil record // Science, 1982, V. 215, № 4539, 1501–1503.

· #512

Bambach R. K. Phanerozoic biodiversity mass extinctions // Annual Review of Earth and Planetary Sciences, 2006, V. 34, 127–155.

· #513

Красилов В. А. Нерешенные проблемы теории эволюции. — Владивосток: Дальневосточный научный центр АН СССР, 1986.

· #514

Benton M. J. et al. Diversification and extinction in the history of life // Science, 1995, V. 268, № 5207, V. 52–58.

· #515

Sahney S., Benton M. J. Recovery from the most profound mass extinction of all time // Proceedings of the Royal Society of London, B: Biological Sciences, 2008, V. 275, № 1636, 759–765.

· #516

Burgess S. D., Bowring S., Shen S. High-precision timeline for Earth’s most severe extinction // Proceedings of the National Academy of Sciences, 2014, V. 111, № 9, 3316–3321.

· #517

Kump L. R., Pavlov A., Arthur M. A. Massive release of hydrogen sulfide to the surface ocean and atmosphere during intervals of oceanic anoxia // Geology, 2005, V. 33, № 5, 397–400.

· #518

Уорд П., Киршвинк Д. Новая история происхождения жизни на Земле. — СПб.: Питер, 2016.

· #519

Benton M. J., Twitchett R. J. How to kill (almost) all life: the end-Permian extinction event // Trends in Ecology & Evolution, 2003, V. 18, № 7, 358–365.

· #520

Knoll A. H. et al. Paleophysiology and end-Permian mass extinction // Earth and Planetary Science Letters, 2007, V. 256, № 3, 295–313.

· #521

Sun Y. et al. Lethally hot temperatures during the Early Triassic greenhouse // Science, 2012, V. 338, № 6105, 366–370.

· #522

Huey R. B., Ward P. D. Hypoxia, global warming, and terrestrial Late Permian extinctions // Science, 2005, V. 308, № 5720, 398–401.

· #523

Benton M. J., Newell A. J. Impacts of global warming on Permo-Triassic terrestrial ecosystems // Gondwana Research, 2014, V. 25, № 4, 1308–1337.

· #524

Расницын А. П. Когда жизнь и не думала умирать // Природа. 2012. № 9.

· #525

Sepkoski J. J. Biodiversity: past, present, and future // Journal of Paleontology, 1997, V. 71, № 4, 533–539.

· #526

Уилсон Э. Хозяева Земли. Социальное завоевание планеты человечеством. — СПб.: Питер, 2014.

· #527

Wilson E. O. Some central problems of sociobiology // Social Science Information, 1975, V. 14, № 6, 5–18.

· #528

Wilson E. O., Holldobler B. The rise of the ants: a phylogenetic and ecological explanation // Proceedings of the National Academy of Sciences, 2005, V. 102, № 21, 7411–7414.

· #529

Foster K. R., Ratnieks F. L. W. A new eusocial vertebrate? // Trends in Ecology & Evolution, 2005, V. 20, № 7, 363–364.

· #530

Есть данные, что самая настоящая менопауза имеется у некоторых китообразных, а именно у гринд, косаток и, возможно, даже у кашалотов. Это связано с их социальной структурой: молодые самки долгое время остаются в составе группы вместе с матерями. Таким образом, в логике Фостера и Рэтникса нам придется или считать гринд, косаток и кашалотов эусоциальными наравне с человеком, или же признать, что этот критерий эусоциальности все-таки не единственный. McAuliffe K., Whitehead H. Eusociality, menopause and information in matrilineal whales // Trends in Ecology & Evolution, 2005, V. 20, № 12, 650.

· #531

Nowak M. A., Tarnita C. E., Wilson E. O. The evolution of eusociality // Nature, 2010, V. 466, № 7310, 1057–1062.

· #532

Thorne B. L., Grimaldi D. A., Krishna K. Early Fossil History of the Termites // Termites: evolution, sociality, symbioses, ecology. Springer Netherlands, 2000. 77–93.

· #533

Wilson E. O., Nowak M. A. Natural selection drives the evolution of ant life cycles // Proceedings of the National Academy of Sciences, 2014, V. 111, № 35, 12585–12590.

· #534

Wilson, Holldobler, 2005.

· #535

Wilson, Nowak, 2014. Составленный Уилсоном и его соавторами список, скорее всего, при желании можно будет дополнить. Независимо возникшая эусоциальность наблюдается, например, у некоторых паразитических плоских червей: Hechinger R. F., Wood A. C., Kuris A. M. Social organization in a flatworm: trematode parasites form soldier and reproductive castes // Proceedings of the Royal Society of London, B: Biological Sciences, 2011, V. 278, № 1706, 656–665.

· #536

Burda H. et al. Are naked and common mole-rats eusocial and if so, why? // Behavioral Ecology and Sociobiology, 2000, V. 47, № 5, 293–303.

· #537

Очень близко к этому сочетанию подошли некоторые китообразные — например, косатки, у которых есть и большой мозг, и сложный социум, и даже менопауза. Но на китообразных действует сильное ограничение: отсутствие возможности использовать огонь. «Даже самый умный дельфин или осьминог не способен изобрести кузнечный горн — и никогда не сможет построить культуру, которая сконструировала бы микроскоп, расшифровала процесс фотосинтеза и сфотографировала спутники Сатурна», — пишет по этому поводу Эдвард Уилсон.

· #538

Петров М. К. Пентеконтера. В первом классе европейской школы мысли // Вопросы истории естествознания и техники. 1987. № 3. С. 100–109.

· #539

Kirschvink J. L. Red Earth, White Earth, Green Earth, Black Earth // Engineering and Science, 2005, V. 68, № 4, 10–20.

· #540

Тейяр де Шарден П. Феномен человека. — М., Наука, 1987.

· #541

Ляпунов А. А. О соотношении понятий материя, энергия и информация. Тезисы доклада, написанного для Международного конгресса по философии (Варна, 1973) // Ляпунов А. А. Проблемы теоретической и прикладной кибернетики. — М., Наука, 1980, 320–323.

· #542

Simpson A. G. B., Slamovits C. H., Archibald J. M. Protist diversity and eukaryote phylogeny // Handbook of the Protists. Springer, 2017, 1–21.

· #543

Leontyev D. V., Schnittler M. The Phylogeny of Myxomycetes // Myxomycetes, Academic Press, 2017, 83–106.

· #544

Janouskovec J. et al. A new lineage of eukaryotes illuminates early mitochondrial genome reduction // Current Biology, 2017, V. 27, № 23, R1270–R1271.

· #545

Brown M. W. et al. Phylogenomics places orphan protistan lineages in a novel eukaryotic supergroup // Genome Biology and Evolution, 2018, V. 10, № 2, 427–433.

· #546

Текст интервью, из которого взято это высказывание, выложен в сети по адресу: http://www.pbs.org/lifebeyondearth/resources/intgouldpop.html

· #547

Erives A. J. Phylogenetic analysis of the core histone doublet and DNA topo II genes of Marseilleviridae: evidence of proto-eukaryotic provenance // Epigenetics & Chromatin, 2017, V. 10, № 1, 55.

· #548

Raoult D. The post-Darwinist rhizome of life // The Lancet, 2010, V. 375, № 9709, 104–105.

<<< Назад ~ ~ ~

Вперед >>> ----